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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 细菌进化树构建
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mashuyan13

新虫 (小有名气)

[求助] 细菌进化树构建 已有3人参与

向大神们求助，做16S菌种鉴定，得到了自己的16S序列，构建进化树的时候，需要下载相似性的序列，应该下载相似性大于多少的序列的核酸序列呢？
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1楼 2014-11-02 16:44:45
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

戴晓凤

铜虫 (初入文坛)
相似度低于95视为不同属，低于97视为新种，一个树需要二三十个序列，选前几个属，每个属三五个菌
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每天进步一点
6楼2014-11-07 14:31:03
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普通回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, good！ 2014-11-03 15:47:45
一般来说看比对出来的结果而定，如果前十个都是一个属，那说明是种一级的差别，调取这个属的全部序列就好。
如果多个属，则调取多个属的序列，相似度的话，一般我们看16S克隆全长来比对，97%初步可以判断为新种，但不绝对，不同的类群相似度差别不一样。
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2楼2014-11-02 23:13:05
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korchagin

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助！ 2014-11-03 15:47:58
一般要求97%以上吧，参比要选好，要不光参比聚到一起了
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3楼2014-11-03 08:45:43
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mashuyan13

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-11-02 23:13:05
一般来说看比对出来的结果而定，如果前十个都是一个属，那说明是种一级的差别，调取这个属的全部序列就好。
如果多个属，则调取多个属的序列，相似度的话，一般我们看16S克隆全长来比对，97%初步可以判断为新种，但 ...

两个属的话，是不是都选97%以上的就够了
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4楼2014-11-07 13:02:13
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mashuyan13

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by korchagin at 2014-11-03 08:45:43
一般要求97%以上吧，参比要选好，要不光参比聚到一起了

嘿嘿参比是相似性最高的那个菌株吗？用NCBI比对的最高菌株行不？还是用Ezbiocloud比对呢
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5楼2014-11-07 13:03:54
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by mashuyan13 at 2014-11-07 13:02:13
两个属的话，是不是都选97%以上的就够了...

全选，根据树型来定，肯定是相关序列越多，越可信啊
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7楼2014-11-07 23:24:50
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by mashuyan13 at 2014-11-07 13:03:54
嘿嘿参比是相似性最高的那个菌株吗？用NCBI比对的最高菌株行不？还是用Ezbiocloud比对呢...

参比是根据进化树来决定的，有些编辑要求的严，可能还会让你带上这个属的典型种
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8楼2014-11-07 23:26:32
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mashuyan13

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 戴晓凤 at 2014-11-07 14:31:03
相似度低于95视为不同属，低于97视为新种，一个树需要二三十个序列，选前几个属，每个属三五个菌

好的谢谢
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9楼2014-11-11 21:06:34
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mashuyan13

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by dllchina at 2014-11-07 23:24:50
全选，根据树型来定，肯定是相关序列越多，越可信啊...

好的谢谢
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10楼2014-11-11 21:06:46
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