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mashuyan13

新虫 (小有名气)

[求助] 细菌进化树构建 已有3人参与

向大神们求助,做16S菌种鉴定,得到了自己的16S序列,构建进化树的时候,需要下载相似性的序列,应该下载相似性大于多少的序列的核酸序列呢?
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戴晓凤

铜虫 (初入文坛)

相似度低于95视为不同属,低于97视为新种,一个树需要二三十个序列,选前几个属,每个属三五个菌
每天进步一点
6楼2014-11-07 14:31:03
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普通回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, good! 2014-11-03 15:47:45
一般来说看比对出来的结果而定,如果前十个都是一个属,那说明是种一级的差别,调取这个属的全部序列就好。
如果多个属,则调取多个属的序列,相似度的话,一般我们看16S克隆全长来比对,97%初步可以判断为新种,但不绝对,不同的类群相似度差别不一样。
2楼2014-11-02 23:13:05
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korchagin

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助! 2014-11-03 15:47:58
一般要求97%以上吧,参比要选好,要不光参比聚到一起了
3楼2014-11-03 08:45:43
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mashuyan13

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-11-02 23:13:05
一般来说看比对出来的结果而定,如果前十个都是一个属,那说明是种一级的差别,调取这个属的全部序列就好。
如果多个属,则调取多个属的序列,相似度的话,一般我们看16S克隆全长来比对,97%初步可以判断为新种,但 ...

两个属的话,是不是都选97%以上的就够了
4楼2014-11-07 13:02:13
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mashuyan13

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by korchagin at 2014-11-03 08:45:43
一般要求97%以上吧,参比要选好,要不光参比聚到一起了

嘿嘿参比是相似性最高的那个菌株吗?用NCBI比对的最高菌株行不?还是用Ezbiocloud比对呢
5楼2014-11-07 13:03:54
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by mashuyan13 at 2014-11-07 13:02:13
两个属的话,是不是都选97%以上的就够了...

全选,根据树型来定,肯定是相关序列越多,越可信啊
7楼2014-11-07 23:24:50
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by mashuyan13 at 2014-11-07 13:03:54
嘿嘿参比是相似性最高的那个菌株吗?用NCBI比对的最高菌株行不?还是用Ezbiocloud比对呢...

参比是根据进化树来决定的,有些编辑要求的严,可能还会让你带上这个属的典型种
8楼2014-11-07 23:26:32
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mashuyan13

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 戴晓凤 at 2014-11-07 14:31:03
相似度低于95视为不同属,低于97视为新种,一个树需要二三十个序列,选前几个属,每个属三五个菌

好的谢谢
9楼2014-11-11 21:06:34
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mashuyan13

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by dllchina at 2014-11-07 23:24:50
全选,根据树型来定,肯定是相关序列越多,越可信啊...

好的谢谢
10楼2014-11-11 21:06:46
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