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小钱不帅铁杆木虫 (正式写手)
奋青
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[求助]
求大神帮助小弟构建一下这个菌株序列的进化树 已有1人参与
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| 小弟本科毕业论文有菌株鉴定，可是系统进化树老是做的不理想，快要毕业答辩了，很急，求大神帮助，小弟在这里不胜感激。菌株名称为BLy，序列如下：CCCCATTTGGCTTGCCTATACTGCAGTCGAGCGGACCGACGGGAGCTTGCTCCCTTAGGTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGCTTGATTGAACCGCATGGTTCAATCATAAAAGGTGGCTTTTAGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCCTCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG |
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2楼2014-06-17 08:21:20
小钱不帅
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3楼2014-06-17 09:44:38
【答案】应助回帖
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小钱不帅(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-19 09:12:44
小钱不帅(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-19 09:12:44
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树不行很多原因，序列修剪的如何，用ncbi上blast的结果中的序列跑下试试，祝福！！要以后想学这个可以深入的学习下，有很多软件要学，clustal，muscle比对序列，推荐几种主流的建树软件paup，phyml，mrbayes，这几种软件基本满足各种方法，mp，ml，bi的需要了，nj法在解决内群关系上也不错，不过是无根树。mega都算了。。。只能呵呵两字形容，最大的好处就是可视化强，能够反映序列的基本信息，算遗传距离什么的，做树。。。呵呵。。。 |
4楼2014-06-17 14:11:55
小钱不帅
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5楼2014-06-18 16:45:20
6楼2014-06-18 18:31:38