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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】做进化树时如何选择菌株？
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aloon111

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】做进化树时如何选择菌株？ 已有7人参与

在NCBI比对后，大部分比对出来的菌株其序列为16S rDNA的部分序列。做进化树时是不是选16S 全序列的菌株？
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汇天下之贤
1楼 2010-10-31 20:41:18
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zhaoyu2881

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
最好选择模式菌株做参比菌株
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Thatislife,onlylifehurts.
2楼2010-10-31 21:12:05
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tdong06

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
RDP，利用这个数据库做更方便。
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3楼2010-11-03 14:35:02
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aloon111

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tdong06 at 2010-11-03 14:35:02:
RDP，利用这个数据库做更方便。

RDP是什么？
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汇天下之贤
4楼2010-11-03 15:47:25
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aloon111

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tdong06 at 2010-11-03 14:35:02:
RDP，利用这个数据库做更方便。

RDP怎么操作？都是英文的，看起来比较吃力。来个简要步骤吧。。。谢谢了。
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汇天下之贤
5楼2010-11-03 16:20:31
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tdong06

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+1):感谢参与 2010-11-03 21:19:30
引用回帖:
Originally posted by aloon111 at 2010-11-03 16:20:31:

RDP怎么操作？都是英文的，看起来比较吃力。来个简要步骤吧。。。谢谢了。

看到一个sequence match那个没有？就是的，然后就看着里面去操作了。跟blast差不多的。只是这个数据库更便捷点。
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-11-03 20:50:31
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whjhx

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
选序列的确很麻烦，那么多序列，基本靠运气才能做很好的树
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7楼2010-11-04 11:43:02
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琼苑

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaoyu2881 at 2010-10-31 21:12:05
最好选择模式菌株做参比菌株

您好，请问要怎么选择模式菌株呢？如果在NCBI里面直接blast，比对结果出来后怎么判断哪个是模式菌株的序列啊？
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8楼2017-05-26 10:57:02
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aloon111

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 琼苑 at 2017-05-26 10:57:02
您好，请问要怎么选择模式菌株呢？如果在NCBI里面直接blast，比对结果出来后怎么判断哪个是模式菌株的序列啊？...

在NCBI里可以看是不是模式的。你认真看下序列信息。
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汇天下之贤
9楼2017-05-26 11:23:36
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江云儿小郭郭
引用回帖:
8楼: Originally posted by 琼苑 at 2017-05-26 10:57:02
您好，请问要怎么选择模式菌株呢？如果在NCBI里面直接blast，比对结果出来后怎么判断哪个是模式菌株的序列啊？...

NR

发自小木虫Android客户端
10楼2017-05-27 00:13:32
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