24小时热门版块排行榜    

查看: 3393  |  回复: 10

aloon111

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】做进化树时如何选择菌株? 已有7人参与

在NCBI比对后,大部分比对出来的菌株其序列为16S rDNA的部分序列。做进化树时是不是选16S 全序列的菌株?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

汇天下之贤
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyu2881

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
最好选择模式菌株做参比菌株
Thatislife,onlylifehurts.
2楼2010-10-31 21:12:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdong06

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
RDP,利用这个数据库做更方便。
3楼2010-11-03 14:35:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aloon111

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tdong06 at 2010-11-03 14:35:02:
RDP,利用这个数据库做更方便。

RDP是什么?
汇天下之贤
4楼2010-11-03 15:47:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aloon111

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tdong06 at 2010-11-03 14:35:02:
RDP,利用这个数据库做更方便。

RDP怎么操作?都是英文的,看起来比较吃力。来个简要步骤吧。。。谢谢了。
汇天下之贤
5楼2010-11-03 16:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tdong06

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+1):感谢参与 2010-11-03 21:19:30
引用回帖:
Originally posted by aloon111 at 2010-11-03 16:20:31:

RDP怎么操作?都是英文的,看起来比较吃力。来个简要步骤吧。。。谢谢了。

看到一个sequence match那个没有?就是的,然后就看着里面去操作了。跟blast差不多的。只是这个数据库更便捷点。
6楼2010-11-03 20:50:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

whjhx

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
选序列的确很麻烦,那么多序列,基本靠运气才能做很好的树
7楼2010-11-04 11:43:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

琼苑

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaoyu2881 at 2010-10-31 21:12:05
最好选择模式菌株做参比菌株

您好,请问要怎么选择模式菌株呢?如果在NCBI里面直接blast,比对结果出来后怎么判断哪个是模式菌株的序列啊?
8楼2017-05-26 10:57:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aloon111

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 琼苑 at 2017-05-26 10:57:02
您好,请问要怎么选择模式菌株呢?如果在NCBI里面直接blast,比对结果出来后怎么判断哪个是模式菌株的序列啊?...

在NCBI里可以看是不是模式的。你认真看下序列信息。
汇天下之贤
9楼2017-05-26 11:23:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 琼苑 at 2017-05-26 10:57:02
您好,请问要怎么选择模式菌株呢?如果在NCBI里面直接blast,比对结果出来后怎么判断哪个是模式菌株的序列啊?...

NR

发自小木虫Android客户端
10楼2017-05-27 00:13:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 aloon111 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +5 Kittylucky 2026-08-27 5/250 2026-08-27 12:10 by 姜太公烤鱼
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +5 苏东坡二世 2026-08-23 5/250 2026-08-27 10:39 by 炜雨
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 面上合作单位盖章 +3 ssyjh 2026-08-27 3/150 2026-08-27 09:59 by 阿拉贡aragon
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +4 a089 2026-08-26 5/250 2026-08-27 09:24 by Howard28
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
信息提示
请填处理意见