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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求大神帮助小弟构建一下这个菌株序列的进化树
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小钱不帅

铁杆木虫 (正式写手)

奋青

[求助] 求大神帮助小弟构建一下这个菌株序列的进化树 已有1人参与

小弟本科毕业论文有菌株鉴定，可是系统进化树老是做的不理想，快要毕业答辩了，很急，求大神帮助，小弟在这里不胜感激。菌株名称为BLy，序列如下：CCCCATTTGGCTTGCCTATACTGCAGTCGAGCGGACCGACGGGAGCTTGCTCCCTTAGGTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGCTTGATTGAACCGCATGGTTCAATCATAAAAGGTGGCTTTTAGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCCTCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG
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不求惊天动地，只求平平安安！
1楼 2014-06-16 21:02:20
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雨中的雕塑

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小钱不帅(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-19 09:12:17
网上百度mega教程，适合你现在的，比较快，又不权威。其他序列序列可以从ncbi等数据库下载，然后比对，然后就跑树。。。
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我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛
2楼2014-06-17 08:21:20
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小钱不帅

铁杆木虫 (正式写手)

奋青
引用回帖:
2楼: Originally posted by 雨中的雕塑 at 2014-06-17 08:21:20
网上百度mega教程，适合你现在的，比较快，又不权威。其他序列序列可以从ncbi等数据库下载，然后比对，然后就跑树。。。

就是用这个，但我做的就是不行
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不求惊天动地，只求平平安安！
3楼2014-06-17 09:44:38
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雨中的雕塑

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小钱不帅(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-19 09:12:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小钱不帅 at 2014-06-17 09:44:38
就是用这个，但我做的就是不行...

树不行很多原因，序列修剪的如何，用ncbi上blast的结果中的序列跑下试试，祝福！！要以后想学这个可以深入的学习下，有很多软件要学，clustal，muscle比对序列，推荐几种主流的建树软件paup，phyml，mrbayes，这几种软件基本满足各种方法，mp，ml，bi的需要了，nj法在解决内群关系上也不错，不过是无根树。mega都算了。。。只能呵呵两字形容，最大的好处就是可视化强，能够反映序列的基本信息，算遗传距离什么的，做树。。。呵呵。。。
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我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛
4楼2014-06-17 14:11:55
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小钱不帅

铁杆木虫 (正式写手)

奋青
引用回帖:
4楼: Originally posted by 雨中的雕塑 at 2014-06-17 14:11:55
树不行很多原因，序列修剪的如何，用ncbi上blast的结果中的序列跑下试试，祝福！！要以后想学这个可以深入的学习下，有很多软件要学，clustal，muscle比对序列，推荐几种主流的建树软件paup，phyml，mrbayes，这几 ...

我只是做毕业设计好不好，哪有时间深入学习啊
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不求惊天动地，只求平平安安！
5楼2014-06-18 16:45:20
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雨中的雕塑

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
小钱不帅(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-19 09:12:34
在ncbi上帮你做了一下blast比对，这个应该是芽孢杆菌的16s核糖体rRna序列。如果需要建树，你可以挑选出你要建树的序列，我可以帮你跑下树。blast结果没法截图 ，，，尴尬。
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我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛
6楼2014-06-18 18:31:38
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