24小时热门版块排行榜    

查看: 3228  |  回复: 14
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

mashuyan13

新虫 (小有名气)

[求助] 细菌进化树构建 已有3人参与

向大神们求助,做16S菌种鉴定,得到了自己的16S序列,构建进化树的时候,需要下载相似性的序列,应该下载相似性大于多少的序列的核酸序列呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mashuyan13

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by korchagin at 2014-11-03 08:45:43
一般要求97%以上吧,参比要选好,要不光参比聚到一起了

嘿嘿参比是相似性最高的那个菌株吗?用NCBI比对的最高菌株行不?还是用Ezbiocloud比对呢
5楼2014-11-07 13:03:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, good! 2014-11-03 15:47:45
一般来说看比对出来的结果而定,如果前十个都是一个属,那说明是种一级的差别,调取这个属的全部序列就好。
如果多个属,则调取多个属的序列,相似度的话,一般我们看16S克隆全长来比对,97%初步可以判断为新种,但不绝对,不同的类群相似度差别不一样。
2楼2014-11-02 23:13:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

korchagin

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助! 2014-11-03 15:47:58
一般要求97%以上吧,参比要选好,要不光参比聚到一起了
3楼2014-11-03 08:45:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mashuyan13

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-11-02 23:13:05
一般来说看比对出来的结果而定,如果前十个都是一个属,那说明是种一级的差别,调取这个属的全部序列就好。
如果多个属,则调取多个属的序列,相似度的话,一般我们看16S克隆全长来比对,97%初步可以判断为新种,但 ...

两个属的话,是不是都选97%以上的就够了
4楼2014-11-07 13:02:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-14 18:36 by 正能量1斤
[基金申请] filecode +6 cratir 2026-08-14 10/500 2026-08-14 18:29 by 笑叹辞穷
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +6 majunge000 2026-08-11 8/400 2026-08-14 14:44 by 医学老男孩
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[基金申请] 好奇怪的filecode +6 布布和一二 2026-08-08 7/350 2026-08-14 13:38 by Equinoxhua
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +10 Tide man 2026-08-10 11/550 2026-08-14 10:30 by 沁言学术
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
请填处理意见