24小时热门版块排行榜    

查看: 3237  |  回复: 14
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

mashuyan13

新虫 (小有名气)

[求助] 细菌进化树构建 已有3人参与

向大神们求助,做16S菌种鉴定,得到了自己的16S序列,构建进化树的时候,需要下载相似性的序列,应该下载相似性大于多少的序列的核酸序列呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by mashuyan13 at 2014-11-07 13:02:13
两个属的话,是不是都选97%以上的就够了...

全选,根据树型来定,肯定是相关序列越多,越可信啊
7楼2014-11-07 23:24:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+3, good! 2014-11-03 15:47:45
一般来说看比对出来的结果而定,如果前十个都是一个属,那说明是种一级的差别,调取这个属的全部序列就好。
如果多个属,则调取多个属的序列,相似度的话,一般我们看16S克隆全长来比对,97%初步可以判断为新种,但不绝对,不同的类群相似度差别不一样。
2楼2014-11-02 23:13:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

korchagin

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助! 2014-11-03 15:47:58
一般要求97%以上吧,参比要选好,要不光参比聚到一起了
3楼2014-11-03 08:45:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mashuyan13

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2014-11-02 23:13:05
一般来说看比对出来的结果而定,如果前十个都是一个属,那说明是种一级的差别,调取这个属的全部序列就好。
如果多个属,则调取多个属的序列,相似度的话,一般我们看16S克隆全长来比对,97%初步可以判断为新种,但 ...

两个属的话,是不是都选97%以上的就够了
4楼2014-11-07 13:02:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +3 archvillain 2026-08-15 3/150 2026-08-15 11:22 by 医学老男孩
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 7lpolszZVXgi 2026-08-14 6/300 2026-08-15 09:28 by sunzitan
[考研] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 7/350 2026-08-15 09:09 by 4wMiSEwB6436
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 07:09 by 4wMiSEwB6436
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:45 by 4wMiSEwB6436
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 4/200 2026-08-15 04:17 by 4wMiSEwB6436
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 02:21 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +11 Tide man 2026-08-10 12/600 2026-08-15 02:12 by home3163
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 01:28 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 HFw0lei2R37i 2026-08-14 8/400 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
信息提示
请填处理意见