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lct515

新虫 (著名写手)

[求助] 谁能帮我分析一下系统进化树?

我做了一个菌种的系统进化树,但是不太会分析。请教高手帮我分析一下。具体见附件
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henrylee223

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
lct515(金币+2): ★★★很有帮助 感谢你的回答 2012-01-14 16:40:30
silicare(金币+3): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:33
首先,根据进化树分析,你的不同菌种分为两个大的类群,然后再在两个类群内细分:类群1上面的可先分为连个小的类群,S30 和PHS-1为一个,其余为另一小类;然后再细分。类群2下面的也可分为连个小类,s89和mn17-9位一类,其余位一类。
2楼2012-01-14 16:15:48
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lct515

新虫 (著名写手)

这两个大的类群之间有什么关系呢?另一个类群与我的菌株又有什么关系呢?
3楼2012-01-14 16:37:03
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gjs713

至尊木虫 (职业作家)

依我个人做系统树的经验 你这个树有些问题:
在查找同源序列的时候,一般同属不同种的只需要找2-3个就够了。
以sp结尾的这种菌种序列我们一般不选取,因为它还没有确定种属,对于构建系统发育树确定种属来说并没有指导作用。
另外,这个树没有比例尺,这个很重要。
在最后我们一般还会选取一个远源的外属序列作为对照,当然这个并不是必不可少的。
勤奋、执着、专注,则无坚不破。
4楼2012-01-15 20:05:45
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delphacid

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

silicare(金币+3, BioEPI+1): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:04
1.看不出来外群
2.树最好都是二分岐的,你做的树有一些地方分不出来,为三分歧,可能需要增加特征,或者对特征进行再次评估,再运行系统发育软件试试看。
3.分析的时候主要找姊妹群,它们之间的亲缘关系比非姊妹群的关系要近。
就说这几点,多看看系统发育方面的理论书籍吧,看看别人是怎么分析滴。
天道酬勤
5楼2012-01-16 03:01:17
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刘文瑶

新虫 (小有名气)

选菌就没选好,异源菌没必要选那么多,你这个就是说明了你的菌属于Pseudomomas aeruginosa 这个属的了。前面有些分支的数值较低,可信度不好!
6楼2012-01-16 10:43:28
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)

meimeizhang

silicare(金币+2): 谢谢参与 2012-02-20 12:51:16
没有比例尺,没有outgroup,都很重要的
每天进步一点点,持之以恒!
7楼2012-02-19 10:44:33
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ghst110

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 张晓梅ZXM at 2012-02-19 10:44:33
没有比例尺,没有outgroup,都很重要的

比例尺和可信度是怎样的呀?能具体说明一下吗?
*才随遇长,识以穷精*
8楼2012-05-29 16:35:09
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