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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】大家帮忙看看我的系统进化树怎么是这个样子的
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惟我独尊

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】大家帮忙看看我的系统进化树怎么是这个样子的

下面是我初建的系统进化树，还不太了解，其中gi开头 的是从genbank中下载的相似序列，单纯的数字是如1，4,8,10,23等是我的测序结果，请问我这个树是不是很有问题，怎么树杈前的数那么小啊 ，这说明什么，还有底下的比例尺是0.5，树的形状和这个有多大关系，怎么把它改小一点，我用的是MEGA 4.0，采用NJ法建的树
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1楼 2011-02-25 17:19:32
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惟我独尊

金虫 (小有名气)
★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励追问哈 2011-04-25 18:56:45
引用回帖:
Originally posted by ottolzm at 2011-02-25 20:44:58:
首先 你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题 但是它没有任何意义 其次 我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系
我再来回答你的问题 进化树下面的比例尺 应该是遗传标度  你建的树的 ...

谢谢你的回复，我的目的是表示菌株的遗传进化关系，我是做的ＤＧＧＥ，其中单纯的数字如，１，4，２８，２９等是我割胶测序的结果，uncultured开头的是在genbank中找的最大相似序列。我想我应该选择遗传距离法，回头我改一下遗传标尺，谢谢。你说我这个没有任何意义，我不理解，我设置的n值是1000啊，可为什么会出现这种状况，除了更改标尺和更规范的标识菌名，我应该如何改进才能做出有意义的树图呢？而且，ＤＧＧＥ测序得出的是不能培养的也很正常，我该如何改进呢？
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7楼2011-02-26 15:33:23
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飞翔2350

木虫 (正式写手)
本人菜鸟，也在研究发育树的构建，同问，求高手解答
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2楼2011-02-25 17:33:50
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nutfeeling

金虫 (著名写手)
顶顶顶顶
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4楼2011-02-25 17:35:41
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惟我独尊

金虫 (小有名气)
自己顶一下 期待大家的继续回复！
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5楼2011-02-25 19:01:51
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1302615397813楼
2015-12-21 21:51   回复  
引用回帖:
6楼: Originally posted by ottolzm at 2011-02-25 20:44:58 首先 你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题 但是它没有任何意义 其次 我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系 我再来回答你的问题 进化树下面的比例尺 应该是遗传标度 你建的树的比 ...

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