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lihongyeer

金虫 (正式写手)

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[求助] 进化树分析求助

做微生物的鉴定，选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对，现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下，期间也增减了一些序列，还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下，但前边的系数很小，40的也有
不知以上问题出现的原因是什么，怎么解决，急求好心的高手指导！下图中的MDB7是待鉴定的

[ Last edited by lihongyeer on 2011-7-19 at 16:53 ]

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1楼 2011-07-19 16:52:09

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lihongyeer

金虫 (正式写手)

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引用回帖:

3楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-08-15 15:22:36:
首先你的这个树建立前，有没有进行CLUSTER W比对呀，没有比对直接建立的树，数值都很小的，再一个你建树时，是选择你的菌的同一属的来建树吧，而不是仅仅是根据你BLASTER的前面的那些种吧，那样建立的树，肯定会是 ...

谢谢指点，我是进行了clistal比对的，倒是你后边的这个注意事项我没注意我再试试，谢谢你拉