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beniu

金虫 (正式写手)

[求助] 关于16S 提取菌种鉴定 已有3人参与

小弟以前没有接触过分子生物这块，现在需要鉴定一菌种，于是按照一般流程做了16S dna 提取， 克隆，然后测序，但是测序后去ncbi比对，结果出乎我的意料，一共做了两次，每次送三个样测序，其中五个为uncultured菌种，还有一个为链霉菌，不是我预期的菌种，我来问问大神们，出现这种情况的原因可能是什么？
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metoo
1楼 2014-05-09 11:21:08
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beniu

金虫 (正式写手)
不是吧，这么多，谔谔，能不能说一下可能的原因
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metoo
2楼2014-05-09 12:00:33
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晶晶梁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
beniu: 金币+10 2014-05-09 14:01:13
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-09 15:13:31
uncultured应该只是指未经过培养的菌株吧？但是也会有说具体什么菌种的吧？或者你把比对的具体结果截图上传让大家看看。不是你预期的，也有可能是在鉴定之前，你估计该菌种时就有错误。
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3楼2014-05-09 13:19:39
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beniu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-09 13:19:39
uncultured应该只是指未经过培养的菌株吧？但是也会有说具体什么菌种的吧？或者你把比对的具体结果截图上传让大家看看。不是你预期的，也有可能是在鉴定之前，你估计该菌种时就有错误。

本来作的是一株菌，怎么就出来那么多不同的uncultured的呀，发酵完提取前镜检也正常的呀，是链霉菌且没有染菌。
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metoo
4楼2014-05-09 14:03:57
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晶晶梁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by beniu at 2014-05-09 14:03:57
本来作的是一株菌，怎么就出来那么多不同的uncultured的呀，发酵完提取前镜检也正常的呀，是链霉菌且没有染菌。...

。。uncultured 只是说那株菌没经过培养就测序而已，不一定不是链霉菌的。你还是把比对图上传下让大家看看吧。不然都不确定你说的是什么情况
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5楼2014-05-10 13:48:12
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andylihuilai

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-08-02 19:50:56
在进行blast的时候，将unculture的排除，另外，ncbi中的很多数据是不可信的，不要一看到排到前面的数据就轻易下结论，科学的结论还需要仔细的分析，排除干扰
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6楼2014-07-28 14:40:12
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向阳风筝

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-10 13:48:12
。。uncultured 只是说那株菌没经过培养就测序而已，不一定不是链霉菌的。你还是把比对图上传下让大家看看吧。不然都不确定你说的是什么情况...

同意！
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活好当下，开心就好！
7楼2016-12-02 17:50:56
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Forest666

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

16s菌种鉴定，有跟多段可以扩的，你用的是哪对引物？扩的不同区域的，保守性不一样的。
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ATGC
8楼2016-12-02 22:47:31
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