应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 细菌16S的问题
71/1返回列表
查看: 1717  |  回复: 6
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者baiyal2000将赠送您 5 个金币

匿名

用户注销 (著名写手)

总版主
本帖仅楼主可见

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

分子生化实验经验积累

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2012-12-06 21:17:07
已阅   同方向广播   申请MolEPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

sportsgenie

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

首先要做的是尽可能收集多的细菌16S序列进行clustal比对，这样能看到保守区的位置。但完全保守的区域是没有，还是会存在个别碱基的差异，所以还是建议用兼并引物。
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-13 10:42:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zq347597638

新虫 (小有名气)
参考楼上的
回复此楼
3楼2012-12-13 15:31:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxh708

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

通用引物是不是无法扩增出所有细菌，其实16s全长的引物用27f和1492r就好了，这对引物可扩增出所有的细菌，当然例外的还未发现，这对引物通常用于菌种鉴定，其中也有两个碱基为兼并碱基。该引物序列如下：
27f:AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG
1492r:TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T
赞一下 回复此楼
dongxioahui
4楼2012-12-29 10:57:22
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alan008alan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dxh708 at 2012-12-29 10:57:22
通用引物是不是无法扩增出所有细菌，其实16s全长的引物用27f和1492r就好了，这对引物可扩增出所有的细菌，当然例外的还未发现，这对引物通常用于菌种鉴定，其中也有两个碱基为兼并碱基。该引物序列如下：
27f:AGA  ...

我用27L和1492R这对引物扩增两种不同的菌各10株，均纯化过4－5次，电泳出来都有2条带，1500bp左右一条较亮的，1300bp左右一条较浅的，做了两次（细菌DNA提取和PCR都做两次）均是相同情况。
为什么会有两条带啊？可能是什么情况引起的？我要做菌种鉴定的，该怎么办？
赞一下 回复此楼
5楼2013-01-19 20:51:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小柒_s

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1、16S扩增引物的效果更好。例如8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') and reverse primer 533R (5'-TTACCGCGGCTGCTGGCAC-3')这个和其他文章的结果差不多，no rank较少。
2、可真核生物测序为什么在门的水平上出现很多NO Rank和SAR呢，大概占到75%，我的样本是水样，是不是这与引物相关呢，为何查文献其他人的比例没有这么高？
赞一下 回复此楼
行万里路，读万卷书
6楼2013-10-26 17:46:21
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yupfei

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

16s可以扩增出肠道的所有细菌把，，有经验的同学给说下，
   还有细菌的相对定量问题
赞一下 回复此楼
7楼2013-12-08 17:58:02
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 baiyal2000 的主题更新
71/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫 SCI英文润色翻译-EnPapers美团队-先修改后付款
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2024杰青和万人领军什么时候会评 +5 墨香琴韵 2024-06-02 5/250 2024-06-02 19:31 by xiaqiu
[论文投稿] 希望嫡长子顺利出场！ +5 C刊霸王 2024-05-31 6/300 2024-06-02 19:26 by 子非愚
[基金申请] 哎 +5 河马の史诗 2024-06-02 5/250 2024-06-02 19:05 by 328838485
[基金申请] 化学B02口青基 代表作都是什么水平的？向大佬求助 +12 arthas_007 2024-06-01 14/700 2024-06-02 16:18 by 夏木荫浓
[基金申请] 九部门发文：不得将专利授权数量作为人才评价、项目评审、职称评定、高校评价等的条件 +17 sjtu2012 2024-05-28 21/1050 2024-06-02 13:43 by 欢乐颂叶蓁
[硕博家园] 论大家对6070后普通教授导师的看法 +7 SNaiL1995 2024-05-28 11/550 2024-06-02 13:16 by 小虫子咔咔
[硕博家园] 实验室太吵闹，无法安静学习，怎么办？ +7 utahh 2024-05-31 12/600 2024-06-02 01:23 by dking22
[考研] 研0二导师分到新来的博士后靠谱吗 +7 sone9 2024-05-31 7/350 2024-06-01 19:10 by 梦燕园
[考博] 24年博士招生 +8 abinit432 2024-05-27 10/500 2024-06-01 17:38 by czp97
[硕博家园] 哈工大硕博招生!博士每月入学! +4 nailooo 2024-05-30 5/250 2024-06-01 06:47 by anevay
[高分子] MMA预聚体光固化发雾问题求助 +3 惠亚金总 2024-05-29 10/500 2024-05-31 14:59 by 惠亚金总
[硕博家园] 又想换工作 +15 brightmj 2024-05-27 20/1000 2024-05-29 23:25 by zyqchem
[论文投稿] 有没有老师需要发表论文 +4 金老师论文助理- 2024-05-29 4/200 2024-05-29 16:51 by liuyupu132
[基金申请] 信息学部函评结束了吗？ +6 ducan21 2024-05-28 7/350 2024-05-29 12:10 by WORLD0256
[论文投稿] 真急着毕业，CPB主编终审17天了，邮件催稿了两次，就是一点动静没有 5+3 kkkk夏 2024-05-28 6/300 2024-05-29 11:18 by hitsdu
[论文投稿] 高手朋友推荐比较容易投稿和录用的SCI期刊，不投稿收费SC，对分区没有要求 5+3 xintangren 2024-05-28 4/200 2024-05-29 10:46 by xintangren
[基金申请] E05青基有几个评审 +4 KYXY123 2024-05-28 4/200 2024-05-28 19:25 by popt2t
[论文投稿] EI期刊审稿人邮箱问题 5+3 shier妈妈 2024-05-27 4/200 2024-05-28 14:53 by topedit
[基金申请] 面上基金会评专家，有回避机制吗？ +4 huang1991js 2024-05-27 4/200 2024-05-27 19:08 by 星火12
[硕博家园] 我是很理想化一人 +6 hahamyid 2024-05-26 6/300 2024-05-27 18:13 by 大飞鱼鱼鱼
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭