应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 细菌16S的问题
71/1返回列表
查看: 2750  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

匿名

用户注销 (著名写手)

总版主
本帖仅楼主可见

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-12-06 21:17:07
已阅   同方向广播   申请MolEPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

sportsgenie

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

首先要做的是尽可能收集多的细菌16S序列进行clustal比对，这样能看到保守区的位置。但完全保守的区域是没有，还是会存在个别碱基的差异，所以还是建议用兼并引物。
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-13 10:42:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zq347597638

新虫 (小有名气)
参考楼上的
回复此楼
3楼2012-12-13 15:31:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxh708

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

通用引物是不是无法扩增出所有细菌，其实16s全长的引物用27f和1492r就好了，这对引物可扩增出所有的细菌，当然例外的还未发现，这对引物通常用于菌种鉴定，其中也有两个碱基为兼并碱基。该引物序列如下：
27f:AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG
1492r:TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T
赞一下 回复此楼
dongxioahui
4楼2012-12-29 10:57:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alan008alan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dxh708 at 2012-12-29 10:57:22
通用引物是不是无法扩增出所有细菌，其实16s全长的引物用27f和1492r就好了，这对引物可扩增出所有的细菌，当然例外的还未发现，这对引物通常用于菌种鉴定，其中也有两个碱基为兼并碱基。该引物序列如下：
27f:AGA  ...

我用27L和1492R这对引物扩增两种不同的菌各10株，均纯化过4－5次，电泳出来都有2条带，1500bp左右一条较亮的，1300bp左右一条较浅的，做了两次（细菌DNA提取和PCR都做两次）均是相同情况。
为什么会有两条带啊？可能是什么情况引起的？我要做菌种鉴定的，该怎么办？
赞一下 回复此楼
5楼2013-01-19 20:51:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小柒_s

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1、16S扩增引物的效果更好。例如8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') and reverse primer 533R (5'-TTACCGCGGCTGCTGGCAC-3')这个和其他文章的结果差不多，no rank较少。
2、可真核生物测序为什么在门的水平上出现很多NO Rank和SAR呢，大概占到75%，我的样本是水样，是不是这与引物相关呢，为何查文献其他人的比例没有这么高？
赞一下 回复此楼
行万里路，读万卷书
6楼2013-10-26 17:46:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yupfei

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

16s可以扩增出肠道的所有细菌把，，有经验的同学给说下，
   还有细菌的相对定量问题
赞一下 回复此楼
7楼2013-12-08 17:58:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 baiyal2000 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 4/200 2026-09-16 06:27 by LH5NkK5Ud4bh
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 05:35 by LH5NkK5Ud4bh
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 05:27 by LH5NkK5Ud4bh
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 04:47 by LH5NkK5Ud4bh
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 03:50 by DgNGHc3h5tPl
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 7/350 2026-09-16 03:26 by DgNGHc3h5tPl
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-16 02:14 by DgNGHc3h5tPl
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 20:59 by zNcEhTcH7ihq
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 20:26 by zNcEhTcH7ihq
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 20:14 by zNcEhTcH7ihq
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:35 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:23 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-15 15:14 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-15 14:25 by VMDqgnlKimtZ
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:13 by VMDqgnlKimtZ
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 9/450 2026-09-15 14:10 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 09:38 by VMDqgnlKimtZ
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:58 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:58 by C79jjtjAKjEn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭