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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 细菌16S的问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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1楼 2012-12-06 21:17:07
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sportsgenie

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

首先要做的是尽可能收集多的细菌16S序列进行clustal比对，这样能看到保守区的位置。但完全保守的区域是没有，还是会存在个别碱基的差异，所以还是建议用兼并引物。
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2楼2012-12-13 10:42:19
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zq347597638

新虫 (小有名气)
参考楼上的
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3楼2012-12-13 15:31:33
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dxh708

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

通用引物是不是无法扩增出所有细菌，其实16s全长的引物用27f和1492r就好了，这对引物可扩增出所有的细菌，当然例外的还未发现，这对引物通常用于菌种鉴定，其中也有两个碱基为兼并碱基。该引物序列如下：
27f:AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG
1492r:TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T
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dongxioahui
4楼2012-12-29 10:57:22
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alan008alan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dxh708 at 2012-12-29 10:57:22
通用引物是不是无法扩增出所有细菌，其实16s全长的引物用27f和1492r就好了，这对引物可扩增出所有的细菌，当然例外的还未发现，这对引物通常用于菌种鉴定，其中也有两个碱基为兼并碱基。该引物序列如下：
27f:AGA  ...

我用27L和1492R这对引物扩增两种不同的菌各10株，均纯化过4－5次，电泳出来都有2条带，1500bp左右一条较亮的，1300bp左右一条较浅的，做了两次（细菌DNA提取和PCR都做两次）均是相同情况。
为什么会有两条带啊？可能是什么情况引起的？我要做菌种鉴定的，该怎么办？
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5楼2013-01-19 20:51:05
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小柒_s

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1、16S扩增引物的效果更好。例如8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') and reverse primer 533R (5'-TTACCGCGGCTGCTGGCAC-3')这个和其他文章的结果差不多，no rank较少。
2、可真核生物测序为什么在门的水平上出现很多NO Rank和SAR呢，大概占到75%，我的样本是水样，是不是这与引物相关呢，为何查文献其他人的比例没有这么高？
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行万里路，读万卷书
6楼2013-10-26 17:46:21
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yupfei

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

16s可以扩增出肠道的所有细菌把，，有经验的同学给说下，
   还有细菌的相对定量问题
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7楼2013-12-08 17:58:02
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