应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 细菌16S的问题
51/1返回列表
查看: 2201  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

匿名

用户注销 (著名写手)

总版主
本帖仅楼主可见

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-12-06 21:17:07
已阅   同方向广播   申请MolEPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

alan008alan

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dxh708 at 2012-12-29 10:57:22
通用引物是不是无法扩增出所有细菌，其实16s全长的引物用27f和1492r就好了，这对引物可扩增出所有的细菌，当然例外的还未发现，这对引物通常用于菌种鉴定，其中也有两个碱基为兼并碱基。该引物序列如下：
27f:AGA  ...

我用27L和1492R这对引物扩增两种不同的菌各10株，均纯化过4－5次，电泳出来都有2条带，1500bp左右一条较亮的，1300bp左右一条较浅的，做了两次（细菌DNA提取和PCR都做两次）均是相同情况。
为什么会有两条带啊？可能是什么情况引起的？我要做菌种鉴定的，该怎么办？
赞一下 回复此楼
5楼2013-01-19 20:51:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

sportsgenie

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

首先要做的是尽可能收集多的细菌16S序列进行clustal比对，这样能看到保守区的位置。但完全保守的区域是没有，还是会存在个别碱基的差异，所以还是建议用兼并引物。
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-13 10:42:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxh708

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

通用引物是不是无法扩增出所有细菌，其实16s全长的引物用27f和1492r就好了，这对引物可扩增出所有的细菌，当然例外的还未发现，这对引物通常用于菌种鉴定，其中也有两个碱基为兼并碱基。该引物序列如下：
27f:AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG
1492r:TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T
赞一下 回复此楼
dongxioahui
4楼2012-12-29 10:57:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小柒_s

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1、16S扩增引物的效果更好。例如8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') and reverse primer 533R (5'-TTACCGCGGCTGCTGGCAC-3')这个和其他文章的结果差不多，no rank较少。
2、可真核生物测序为什么在门的水平上出现很多NO Rank和SAR呢，大概占到75%，我的样本是水样，是不是这与引物相关呢，为何查文献其他人的比例没有这么高？
赞一下 回复此楼
行万里路，读万卷书
6楼2013-10-26 17:46:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭