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虫儿崛起

铁虫 (初入文坛)

[交流] DGGE ladder 或者 marker制作的问题 已有4人参与

如题。

我想针对不同的单克隆的DGGE条带的位置,来制作一个属于自己的ladder或者marker。然后,作为标准,用其他样品来与之对比。

现在遇到的问题是:单一克隆(单克隆)的DGGE泳道中,并非单一的条带。而是多条条带,没有主次之分。

我的方法:提取质粒,然后,直接用968GC-1401这对引物直接扩增,然后,PCR产物回收上样,跑DGGE。

如何避免这种多条带的情况?困扰我很久了。
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转型期的阵痛是难免的。
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虫儿崛起

铁虫 (初入文坛)

图片没有转正。最下面的是混合了4个单克隆的marker泳道。上面四个泳道都是单一的单克隆。
转型期的阵痛是难免的。
2楼2012-03-14 10:28:22
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lilinlin123

木虫 (小有名气)

不行就买菌株做marker
3楼2012-03-14 15:49:35
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power5

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5): 给个红包,谢谢回帖
dgge marker貌似有卖的
bwt:lz的胶用啥染的?怎么是蓝色的,好奇ing
4楼2012-03-15 09:04:45
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小小佐罗2

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不好买到吧 而且挺贵的
5楼2012-03-15 11:55:56
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gaozheng81

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
有看到过文章自己制作marker的,应该是可行。但是提醒楼主注意一个问题,你说的单克隆或者单菌株并不是单一带是很正常的,因为很多细菌的16S rRNA本身就是多拷贝的,所以有时单一菌株也会得到很多条带,就好像混合样品一样,这可能会影响对结果的判断。关于16S rRNA多拷贝的问题,有不少文章,现在有些文章指出用单拷贝的基因,而不使用16S。
6楼2012-03-17 12:07:18
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