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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【问题反馈】怎么用quantity one软件处理DGGE图谱香农指数和均匀度
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cuihj

新虫 (初入文坛)

[交流] 【问题反馈】怎么用quantity one软件处理DGGE图谱香农指数和均匀度 已有5人参与

求助：用Quantity one 作DGGE示意图谱时，怎样用他计算shannon-weaver指数
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1楼 2010-11-12 09:30:59
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天鸟

木虫 (正式写手)
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我是在"reports"中的"all lanes report"有个选项是peak density，然后输出来后就是每个条带都有个数值，我根据每个条带的数值除于该泳道总的peak density值，根据那些数值放到一个软件中，该软件就会计算出SHANNON INDEX。这其实是我的理解，你也可以自己想想怎么做吧
嘿嘿
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快乐生活，我快乐
8楼2011-09-27 16:32:58
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laidyar

新虫 (初入文坛)
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6楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-09-22 20:33:12:
就是report上面的一个什么peak的值吧
然后通过软件就可以计算的了
不要手算的

能再详细点么
香农指数为 HP=-∑(Pi×lnPi)；
Pi=Ni/N，N为样方中各物种多度指标总和，Ni为第i个种的多度指标.

你说的那个什么peak 值得是Ni  还是Pi

这个report是从图片中那个子菜单中输入的啊




[ Last edited by laidyar on 2011-9-27 at 15:22 ]
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红红三缺一
7楼2011-09-27 15:21:03
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laidyar

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8楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-09-27 16:32:58:
我是在"reports"中的"all lanes report"有个选项是peak density，然后输出来后就是每个条带都有个数值，我根据每个条带的数值除于该泳道总的peak density值，根据那些数值放到一个软件中，该 ...

稍微懂了点

那个泳道的总peak density是等于各条带peak density之和，对么

那个软件叫什么名字，或者你能给我发个么

邮箱laidyar@yahoo.com.cn   万分感谢
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9楼2011-09-28 10:34:04
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天鸟

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9楼: Originally posted by laidyar at 2011-09-28 10:34:04:
稍微懂了点

那个泳道的总peak density是等于各条带peak density之和，对么

那个软件叫什么名字，或者你能给我发个么

邮箱laidyar@yahoo.com.cn   万分感谢

biodap网上随便下载的，你可以上网下载吧。祝顺利
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快乐生活，我快乐
10楼2011-09-28 11:12:41
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孙盛楠

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Originally posted by cuihj at 2010-11-12 09:30:59:
求助：用Quantity one 作DGGE示意图谱时，怎样用他计算shannon-weaver指数

您好！你知道怎么用这个软件计算多样性指数了吗？盼回复，谢谢！
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2楼2011-03-07 15:22:06
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laidyar

新虫 (初入文坛)
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1楼: Originally posted by cuihj at 2010-11-12 09:30:59:
求助：用Quantity one 作DGGE示意图谱时，怎样用他计算shannon-weaver指数

你现在知道了么  求帮助
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3楼2011-09-20 10:14:17
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天鸟

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dhd997(金币+3): good 2011-09-22 08:06:47
我是觉得只通过quantity one是不能计算出多样性指数来吧
还需要将它用另外的软件来计算的吧
一般都是将条带的亮度转换成数字，再通过这些数字通过另外一个软件来计算多样性的。我也是自己刚接触的理解，还希望有用过的指点
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快乐生活，我快乐
4楼2011-09-21 22:09:17
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laidyar

新虫 (初入文坛)
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wanhscn(金币+1): 鼓励交流！手算是不可能的！ 2011-09-23 09:52:18
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4楼: Originally posted by 天鸟 at 2011-09-21 22:09:17:
我是觉得只通过quantity one是不能计算出多样性指数来吧
还需要将它用另外的软件来计算的吧
一般都是将条带的亮度转换成数字，再通过这些数字通过另外一个软件来计算多样性的。我也是自己刚接触的理解，还希望有 ...

是这么说的，我听一个做过的师姐说要从quantity one导出所有条带的一个什么数值，然后用那个数值，自己手算。。。可是不知道要导出哪个数值啊。。。
你现在有什么眉目了么。。。
我急需帮助。。。
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5楼2011-09-22 12:50:41
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天鸟

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就是report上面的一个什么peak的值吧
然后通过软件就可以计算的了
不要手算的
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快乐生活，我快乐
6楼2011-09-22 20:33:12
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