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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 关于16s RNA测序
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AIfever

木虫 (正式写手)

[求助] 关于16s RNA测序已有1人参与

我根据链球菌的DNA序列设计的引物扩出来，测序结果竟然是短小芽孢杆菌，是买的菌株不对还是什么原因？
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1楼2014-04-09 16:45:40
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Hliotrope

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
AIfever: 金币+5, ★有帮助, 谢谢，我试下 2014-04-10 10:47:52
也有可能是染菌了，16S只要有菌就能P出来，而且大小都一样，所以P出来的不一定是你的菌的片段，测序结果不正确也正常，重新接菌重新P，我也出现过这种现象，P出的片段连T载体测序，结果不对，后来又重新做了一次就对了，祝早日成功！
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Someone
2楼2014-04-09 21:38:11
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AIfever

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Hliotrope at 2014-04-09 21:38:11
也有可能是染菌了，16S只要有菌就能P出来，而且大小都一样，所以P出来的不一定是你的菌的片段，测序结果不正确也正常，重新接菌重新P，我也出现过这种现象，P出的片段连T载体测序，结果不对，后来又重新做了一次就对 ...

但是短小芽孢杆菌一般不是存在于植物根系中吗？而且16s对引物没有特异性吗
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3楼2014-04-10 08:24:18
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Hliotrope

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by AIfever at 2014-04-10 08:24:18
但是短小芽孢杆菌一般不是存在于植物根系中吗？而且16s对引物没有特异性吗...

噢，你那引物是根据DNA序列设计的啊，我以为是用的通用引物，你可以用通用16S引物P一下看看，我就是用通用引物P的，细菌存在的地方没有严格的地域限制，特异性，也许那芽孢杆菌的16S特异性就跟你的菌一样呢，那当然这都是猜测。。。
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Someone
4楼2014-04-10 09:29:00
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