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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】郁闷
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whjhx

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】郁闷 已有3人参与

好不容易分离了一株细菌，测序后，将序列BLAST居然发现和我以前分离的一株细菌是同一个种，但序列有所不同，请问这个序列还能上传到GeneBank吗？以前那株细菌已发表过文章，请问现在这株还可以发表文章吗？如果不能，心有不甘啊，因为花了不少功夫。

[ Last edited by whjhx on 2010-6-21 at 23:07 ]
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1楼 2010-06-21 22:56:32
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-06-22 04:14:37
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2010-06-21 22:56:32:
好不容易分离了一株细菌，测序后，将序列BLAST居然发现和我以前分离的一株细菌是同一个种，但序列有所不同，以前那株细菌已发表过文章，请问现在这株还可以发表文章吗？如果不能，心有不甘啊，因为花了不少功夫。

不一定要靠新的种发文章啊，其他角度呢
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小木虫之有关部门负责人
2楼2010-06-21 23:00:51
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whjhx

金虫 (正式写手)
种的鉴定花了我大量功夫，所以不能发文章觉得可惜了。
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3楼2010-06-21 23:05:04
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reasonspare

木虫 (著名写手)
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dhd997(金币+1):热心斑斑，谢谢交流。 2010-06-22 08:27:23
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Originally posted by whjhx at 2010-06-21 23:05:04:
种的鉴定花了我大量功夫，所以不能发文章觉得可惜了。

不知道你测的那个基因，去blast
如果说16S rDNA， 即使在99.3%（有人说是 99.9%） 的相似性水平也可以是不同的种。

16s只能确定属水平。

另外如果你做的ITS，可能到亚属水平或者种水平，但是既然你熟练与种的鉴定，如果你有足够的证明它与其他已知种不同就可以了，或者新种，或者新生态型。
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4楼2010-06-22 04:19:03
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whjhx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by reasonspare at 2010-06-22 04:19:03:


不知道你测的那个基因，去blast
如果说16S rDNA， 即使在99.3%（有人说是 99.9%） 的相似性水平也可以是不同的种。

16s只能确定属水平。

另外如果你做的ITS，可能到亚属水平或者种水平，但是既然你熟练 ...

我测的是16S rRNA，不知道和16S rDNA有无区别？
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5楼2010-06-22 08:36:45
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whjhx

金虫 (正式写手)
ding~~~
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6楼2010-06-22 23:23:04
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reasonspare

木虫 (著名写手)
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dhd997(金币+2):谢谢交流。 2010-06-23 08:16:09
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Originally posted by whjhx at 2010-06-22 08:36:45:


我测的是16S rRNA，不知道和16S rDNA有无区别？

不管你说rDNA 还是 rRNA都是说的同一个东西，而且大家也知道你再说什么。
但是具体来讲 rRNA更侧重于基因方面，因为rRNA是由rDNA转录得来的。
如果你所说的16S rRNA，是通过RNA 提取得到16S rRNA，然后反转录成16S rDNA（cDNA）,你就可以说16S rRNA，但是如果你仅仅以基因组DNA 做普通PCR,那么你得到将是16S rDNA。那么你测的是16S rDNA 序列，但是也可以说成你测的 16S rRNA的基因的序列。

不过我看到好多人发表文章的时候两个混着用。所以你选择用那个，随你嗜好，大家都知道你再说什么，只要不遇上非常硌得reviewer就行了。
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7楼2010-06-23 07:30:51
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reasonspare

木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
非常感谢您的回复，看来您是个高人，我还有问题问下您，我这次测的菌株的序列做BLAST和里面的序列最多99％相似，而上次相似度有100％，但显示的结果都是同一种细菌，据您所说，99.9％以下都有可能是不同种，那我现在该继续怎么做才能确定是什么种呢？本人新人，多谢指教！

Again: 仅仅通过16S不能定种！

谦虚了，这里都是新人，再说已经发表了一个新种了怎么会是新人呢。哈哈哈

我不明白你之前发表是以新种为主题发表的吗：IJSEM 杂志的主编不会因为你测了一个16S就是一个新种。
另外你测的16S 全长，还是保守区。
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8楼2010-06-24 09:58:16
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whjhx

金虫 (正式写手)
之前发表不是以新种为主题发表，而且做生理生化鉴定也不是新种。我测的16S 应该是全长吧，有2000多bp。
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9楼2010-06-24 16:29:21
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