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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】郁闷
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whjhx

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】郁闷 已有3人参与

好不容易分离了一株细菌，测序后，将序列BLAST居然发现和我以前分离的一株细菌是同一个种，但序列有所不同，请问这个序列还能上传到GeneBank吗？以前那株细菌已发表过文章，请问现在这株还可以发表文章吗？如果不能，心有不甘啊，因为花了不少功夫。

[ Last edited by whjhx on 2010-6-21 at 23:07 ]
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1楼 2010-06-21 22:56:32
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reasonspare

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
非常感谢您的回复，看来您是个高人，我还有问题问下您，我这次测的菌株的序列做BLAST和里面的序列最多99％相似，而上次相似度有100％，但显示的结果都是同一种细菌，据您所说，99.9％以下都有可能是不同种，那我现在该继续怎么做才能确定是什么种呢？本人新人，多谢指教！

Again: 仅仅通过16S不能定种！

谦虚了，这里都是新人，再说已经发表了一个新种了怎么会是新人呢。哈哈哈

我不明白你之前发表是以新种为主题发表的吗：IJSEM 杂志的主编不会因为你测了一个16S就是一个新种。
另外你测的16S 全长，还是保守区。
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大慈大悲观世音救苦救难观世音有求必应观世音普渡众生观世音千手千眼观世音官大敢管观世音无处不在观世音普观普长观世音南无观世音菩萨
8楼2010-06-24 09:58:16
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-06-22 04:14:37
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2010-06-21 22:56:32:
好不容易分离了一株细菌，测序后，将序列BLAST居然发现和我以前分离的一株细菌是同一个种，但序列有所不同，以前那株细菌已发表过文章，请问现在这株还可以发表文章吗？如果不能，心有不甘啊，因为花了不少功夫。

不一定要靠新的种发文章啊，其他角度呢
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小木虫之有关部门负责人
2楼2010-06-21 23:00:51
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whjhx

金虫 (正式写手)
种的鉴定花了我大量功夫，所以不能发文章觉得可惜了。
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3楼2010-06-21 23:05:04
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reasonspare

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):热心斑斑，谢谢交流。 2010-06-22 08:27:23
引用回帖:
Originally posted by whjhx at 2010-06-21 23:05:04:
种的鉴定花了我大量功夫，所以不能发文章觉得可惜了。

不知道你测的那个基因，去blast
如果说16S rDNA， 即使在99.3%（有人说是 99.9%） 的相似性水平也可以是不同的种。

16s只能确定属水平。

另外如果你做的ITS，可能到亚属水平或者种水平，但是既然你熟练与种的鉴定，如果你有足够的证明它与其他已知种不同就可以了，或者新种，或者新生态型。
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大慈大悲观世音救苦救难观世音有求必应观世音普渡众生观世音千手千眼观世音官大敢管观世音无处不在观世音普观普长观世音南无观世音菩萨
4楼2010-06-22 04:19:03
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