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做16S rDNA鉴定时进行同源性比较的方法！！
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前面我已经在环境版块公布了测序结果的处理方法及对测序结果的评判方法，如果有虫友需要了解可以在环境版块的资源帖查到到，现在本人紧接着上一步操作，整理出做16S rDNA鉴定时进行同源性比较的方法，希望对部分刚涉及到此方面的虫友有所帮助。 （2）序列同源性比较方法： 1，打开网页http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi; 2，在网页的中间部分有个“Basic BLAST”，其下有一个选项“nucleotide blast”; 3，点开“nucleotide blast”，出现一个空白框，上面有一行字“Enter accession number(s),gi(s),or FASTA sequence(s)”，将你的序列复制到这个空白框中； 4，其他的都不变，不必添加什么。注意网页中间部分有个Database，选中“Others (nr etc.)”; 5，点击网页下部的“BLAST”按钮，等待数十秒钟（不要急，多等一会哈！！），直到网页中出现一个很大的表格； 6，这个表格就是和你的细菌的16S rDNA序列相似性很高的序列。 Accession:去掉后面的“.1”就是可以查序列的GenBank登录号了； Description:对菌株的描述； 7，把那个表格拖过去，会有很长很长一段对每个相似度较高序列的说明，其中在各个序列的前段部分会有以下几个数值： Score：提交的序列和搜索出的序列之间的分值，越高说明越相似； Expect：比对的期望值，比对越好，expect越小。一般在核酸层次的比对，expect值小于1e-10时，就算比对很好了，多数情况下为0； Identities：提交的序列好参比序列的相似性； Gaps：空位，指对不上位的碱基数目； Strand：链的方向，Plus/Minus意味着提交的序列和参比序列是反向互补的；Plus/Plus意味着二者是皆为正向； 8，这样就可以从那个表格中挑选出一些有代表性的菌株，拷贝其16S rDNA序列，用于进一步的系统发育树分析； 系统发育树构建见下文。 |
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10楼2012-03-30 08:33:15
11楼2012-04-03 18:09:55
12楼2012-04-03 18:10:37
13楼2012-04-08 13:49:39
14楼2012-06-01 09:43:38
★★★★★ 五星级,优秀推荐
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我也想请教一下楼主，我也是，一个序列blast后，前4个的各项参数是一模一样的，而对应的菌株Rhizobium sp.XjGEB-70 ，Agrobacterium tumefaciens strain XjGEB-58， Rhizobium sp. XjGEN-53 和 Rhizobium sp. CCNWSX0504，这种情况应该怎样确定？还有就是blast前Choose Search Set一项中，选others后，下方有个下拉菜单，是选择Nucleotide collection 还是16s ribosomal RNA sequence( bacteria and archaea)，同一个序列选择不同的结果不一致 望楼主指教 |
15楼2012-09-28 19:35:28
16楼2012-09-28 19:38:46
17楼2012-11-14 20:27:39
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