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zhangmao511铁虫 (小有名气)
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膜蛋白Gromacs模拟的问题 已有1人参与
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小弟在用Gromacs模拟膜蛋白遇到一些问题，请教一下大家，谢谢！！ 1. 我从网上DOWNLOAD到一个DPPC的膜，包含128个DPPC和3665个SPC水分子。我是直接拿过来上模拟呢，还是需要做先做一些处理呢（比如NPT，MD一下）？ 2. 就是，我从网上DOWNLOAD到的DPPC的膜只有128个DPPC分子，我觉得里面的DPPC分子少了，我想把膜的面积再铺大一些，具体的实施方法如何操作呢？？  3.jpg |
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2楼2014-11-07 09:52:17
zhangmao511
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3楼2014-11-07 11:20:25
zhangmao511
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4楼2014-11-07 11:20:48
【答案】应助回帖
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（1）n=1，2，3，4，5。。。一般做方形的膜，每层的lipid数是6的平方、7的平方、8的平方等等。 （2）假如在xy方向上，膜的尺寸为x1、x2。下载的膜的结构记为conf0.pdb；把所有原子的x坐标加上x1，得到的新结构记为conf1.pdb；把所有原子的y坐标加上x2，得到的新结构记为conf2.pdb；把所有原子的x、y坐标分别加上x1、x2，得到的结构记为conf3.pdb。 把conf0.pdb conf1.pd conf2.pdb conf3.pdb 合并成一个文件，记为new.pdb，new.pdb中含有2×256个lipid。 最后根据自己的需要，适当删除一些lipid。例如你想要2×196个lipid的膜，每层删除60个lipids。 |
5楼2014-11-07 13:40:57
zhangmao511
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你好，打扰了。 我根据你说的，将conf0.pdb conf1.pd conf2.pdb conf3.pdb 合并成一个文件，记为new.pdb，有512个lipid，我用的是DPPC。但是，我在对这个心产生的new.pdb进行能量最小化的时候，报错“There is no domain decomposition for 4 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 13.9886 nm”。 网上查了一下，说可能是盒子设置的太小了。。 我原来128DPPC盒子的大小是x=6.41840 y=6.44350 z=6.59650，新的盒子其实是由4个128DPPC的盒子拼起来的，所以我将X*2，Y*2，Z不变，新的盒子new.pdb的大小是x=12.8368 y=12.8870 z=6.59650。不知道这样，对不对？？如果我这样设置新盒子的大小，为什么报错会说我盒子设置的太小了呢？？请指教，谢谢。 然后，我还想到一个问题，就是因为是由128DPPC盒子拼的一个新盒子（4个128PPC），那么第一个128DPPC的边界与第2个128DPPC的边界交连处（或者与第3个，第4个），因为是人工拼接的，会不会有CRASH或者不合理之处？？从而导致上面的那个报错发生呢？？谢谢..!！！!  |
6楼2014-11-16 00:32:15