| 查看: 1522 | 回复: 5 | ||
zhangmao511铁虫 (小有名气)
|
[求助]
膜蛋白Gromacs模拟的问题 已有1人参与
|
|
小弟在用Gromacs模拟膜蛋白遇到一些问题，请教一下大家，谢谢！！ 1. 我从网上DOWNLOAD到一个DPPC的膜，包含128个DPPC和3665个SPC水分子。我是直接拿过来上模拟呢，还是需要做先做一些处理呢（比如NPT，MD一下）？ 2. 就是，我从网上DOWNLOAD到的DPPC的膜只有128个DPPC分子，我觉得里面的DPPC分子少了，我想把膜的面积再铺大一些，具体的实施方法如何操作呢？？  3.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
复试调剂，一志愿郑州大学材料与化工289分
已经有19人回复
-
086003调剂求助
已经有7人回复
-
考研调剂-材料类-284
已经有19人回复
-
求调剂材料科学与工程一志愿985初试365分
已经有4人回复
-
一志愿西南大学生物学学硕344 求生物学相关调剂/生物与医药
已经有6人回复
-
314求调剂
已经有5人回复
-
材料化工总分334求调剂
已经有10人回复
-
求调剂
已经有3人回复
-
0860004 求调剂 309分
已经有4人回复
-
一志愿厦大生物学332求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于MS和GROMACS文件转换的问题
已经有8人回复
- 关于gromacs残基不识别的问题
已经有17人回复
- gromacs 5.0 安装过程中遇到到问题
已经有7人回复
- 求助：gromacs怎样进行REMD的计算？
已经有4人回复
- 加膜系统的蛋白动力学模拟
已经有5人回复
- gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子
已经有19人回复
- 请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析
已经有12人回复
- Gromacs能量最小化问题
已经有5人回复
- gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题
已经有10人回复
- gromacs pull的问题！10金币
已经有7人回复
- gromacs 模拟出现周期性问题
已经有6人回复
- Gromacs粗粒化力场（自己写）
已经有11人回复
- gromacs中的top文件
已经有16人回复
- gromacs自己添加residue遇到的问题
已经有6人回复
- gromacs NEMD模拟
已经有12人回复
- 如何使用gromacs进行多分子模拟？
已经有7人回复
- gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
已经有6人回复
- gromacs 中mdrun命令
已经有3人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
已经有7人回复
2楼2014-11-07 09:52:17
zhangmao511
铁虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 33
- 红花: 2
- 帖子: 136
- 在线: 29.7小时
- 虫号: 2553312
- 注册: 2013-07-19
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
3楼2014-11-07 11:20:25
zhangmao511
铁虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 33
- 红花: 2
- 帖子: 136
- 在线: 29.7小时
- 虫号: 2553312
- 注册: 2013-07-19
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
4楼2014-11-07 11:20:48
【答案】应助回帖
|
（1）n=1，2，3，4，5。。。一般做方形的膜，每层的lipid数是6的平方、7的平方、8的平方等等。 （2）假如在xy方向上，膜的尺寸为x1、x2。下载的膜的结构记为conf0.pdb；把所有原子的x坐标加上x1，得到的新结构记为conf1.pdb；把所有原子的y坐标加上x2，得到的新结构记为conf2.pdb；把所有原子的x、y坐标分别加上x1、x2，得到的结构记为conf3.pdb。 把conf0.pdb conf1.pd conf2.pdb conf3.pdb 合并成一个文件，记为new.pdb，new.pdb中含有2×256个lipid。 最后根据自己的需要，适当删除一些lipid。例如你想要2×196个lipid的膜，每层删除60个lipids。 |
5楼2014-11-07 13:40:57
zhangmao511
铁虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 33
- 红花: 2
- 帖子: 136
- 在线: 29.7小时
- 虫号: 2553312
- 注册: 2013-07-19
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
|
你好，打扰了。 我根据你说的，将conf0.pdb conf1.pd conf2.pdb conf3.pdb 合并成一个文件，记为new.pdb，有512个lipid，我用的是DPPC。但是，我在对这个心产生的new.pdb进行能量最小化的时候，报错“There is no domain decomposition for 4 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 13.9886 nm”。 网上查了一下，说可能是盒子设置的太小了。。 我原来128DPPC盒子的大小是x=6.41840 y=6.44350 z=6.59650，新的盒子其实是由4个128DPPC的盒子拼起来的，所以我将X*2，Y*2，Z不变，新的盒子new.pdb的大小是x=12.8368 y=12.8870 z=6.59650。不知道这样，对不对？？如果我这样设置新盒子的大小，为什么报错会说我盒子设置的太小了呢？？请指教，谢谢。 然后，我还想到一个问题，就是因为是由128DPPC盒子拼的一个新盒子（4个128PPC），那么第一个128DPPC的边界与第2个128DPPC的边界交连处（或者与第3个，第4个），因为是人工拼接的，会不会有CRASH或者不合理之处？？从而导致上面的那个报错发生呢？？谢谢..!！！!  |
6楼2014-11-16 00:32:15
100