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Leliel

铜虫 (初入文坛)

[求助] Gromacs粗粒化力场（自己写）

各位师兄师姐~
本人准大四学弟一名，正在跟着师兄做粗粒化的模拟，用的是Gromacs 4.6.2。
想要用粗粒化模拟的办法来实现DNA和双层膜的一个共同的体系，现在想的是用两个不同的力场来模拟膜和DNA，但是现在的版本下，这些力场都没有，所以我想自己写一个，但是对自己写力场这个完全不了解（我只是用Gromacs做了两个例子类型的全原子模拟而已），不知道大家能不能给个建议，比如说怎么写力场，有啥模板之类的么？谢谢了！！
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God‘s in his heaven，all's right with the world。
1楼2013-07-12 17:34:39
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果Gromacs里面没有的力场，需要改源代码。很多粗粒化力场，Gromacs已经有了，建议尽量使用已经有的力场。
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2楼2013-07-13 10:04:09
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Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-07-13 10:04:09
如果Gromacs里面没有的力场，需要改源代码。很多粗粒化力场，Gromacs已经有了，建议尽量使用已经有的力场。

关键是现有的版本4.6.2的里面貌似是没有的，至少没有Martini的力场。请问如果是改源代码的话，是怎么修改？是top或者itp之类的么？？
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3楼2013-07-13 10:21:30
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
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3楼: Originally posted by Leliel at 2013-07-13 10:21:30
关键是现有的版本4.6.2的里面貌似是没有的，至少没有Martini的力场。请问如果是改源代码的话，是怎么修改？是top或者itp之类的么？？...

第一优先考虑用内置的力场 或者在上面加一些参数 这个是最好实现的
第二考虑将其他现成的力场引入到gromacs中，这个如果对md理解够深，可以实现
第三自己做力场，这个问题太大了，不要以为很简单，给几个数就完了，现在关于膜蛋白的模拟本身就有很多问题，就算你的力场单独没有问题，但是和蛋白间的作用呢？ 是否能够匹配，都是问题。一般都是要加额外的限制去固定蛋白。
如果你只是本科生，想跟着参与实验，那你就多看些资料吧，不要着急动手去做，此时绝非拍拍脑袋就能搞定的。
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4楼2013-07-13 13:05:53
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yaozhq

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-07-13 13:05:53
第一优先考虑用内置的力场 或者在上面加一些参数 这个是最好实现的
第二考虑将其他现成的力场引入到gromacs中，这个如果对md理解够深，可以实现
第三自己做力场，这个问题太大了，不要以为很简单，给几个数就完了 ...

是DNA 写的时候忘掉了……
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5楼2013-07-13 13:08:43
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Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-07-13 13:05:53
第一优先考虑用内置的力场 或者在上面加一些参数 这个是最好实现的
第二考虑将其他现成的力场引入到gromacs中，这个如果对md理解够深，可以实现
第三自己做力场，这个问题太大了，不要以为很简单，给几个数就完了 ...

你好，毕竟是粗粒化模型，和全原子模型是不一样的，没法在已有的基础上添加参数啊（在我看来）
而且我也没有着急，只是在熟悉gromacs，做了一些简单的全原子模拟。我已经看了有关粗粒化模拟的多篇文献，感觉对其有了一些把握，所以才想做一些例子。
至于你所提到的两个体系间的相互作用，这个师兄也和我提到了，这些参数我认为我们都需要自己加入，需要一步步的进行验证！
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6楼2013-07-13 15:09:32
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你做的体系很常见吧  不可能要自己写
MARTINI力场在这里下就行了http://md.chem.rug.nl/cgmartini/
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7楼2013-07-14 20:13:50
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Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-07-14 20:13:50
你做的体系很常见吧  不可能要自己写
MARTINI力场在这里下就行了http://md.chem.rug.nl/cgmartini/

martini的力场我是有的，在这个网站上找到了，但是DNA的话不能用这个力场啊，我是想模拟膜和DNA的作用，所以这是2个力场的杂交，不知道你能明白么....
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God‘s in his heaven，all's right with the world。
8楼2013-07-15 15:13:25
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-07-14 20:13:50
你做的体系很常见吧  不可能要自己写
MARTINI力场在这里下就行了http://md.chem.rug.nl/cgmartini/

你好，我想问下，这个下下来怎么用阿，谢谢哦
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我有我世界。。。
9楼2014-06-23 14:35:58
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xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Leliel at 2013-07-15 15:13:25
martini的力场我是有的，在这个网站上找到了，但是DNA的话不能用这个力场啊，我是想模拟膜和DNA的作用，所以这是2个力场的杂交，不知道你能明白么.......

请问这个martini下下来之后该如何使用。谢谢阿
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我有我世界。。。
10楼2014-06-23 14:36:30
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