应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs粗粒化力场（自己写）
121/2返回列表12下一页
查看: 4143  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Leliel

铜虫 (初入文坛)

[求助] Gromacs粗粒化力场（自己写）

各位师兄师姐~
本人准大四学弟一名，正在跟着师兄做粗粒化的模拟，用的是Gromacs 4.6.2。
想要用粗粒化模拟的办法来实现DNA和双层膜的一个共同的体系，现在想的是用两个不同的力场来模拟膜和DNA，但是现在的版本下，这些力场都没有，所以我想自己写一个，但是对自己写力场这个完全不了解（我只是用Gromacs做了两个例子类型的全原子模拟而已），不知道大家能不能给个建议，比如说怎么写力场，有啥模板之类的么？谢谢了！！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs gromacs gromacs 力场

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
God‘s in his heaven，all's right with the world。
1楼 2013-07-12 17:34:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果Gromacs里面没有的力场，需要改源代码。很多粗粒化力场，Gromacs已经有了，建议尽量使用已经有的力场。
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-13 10:04:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-07-13 10:04:09
如果Gromacs里面没有的力场，需要改源代码。很多粗粒化力场，Gromacs已经有了，建议尽量使用已经有的力场。

关键是现有的版本4.6.2的里面貌似是没有的，至少没有Martini的力场。请问如果是改源代码的话，是怎么修改？是top或者itp之类的么？？
赞一下 回复此楼
God‘s in his heaven，all's right with the world。
3楼2013-07-13 10:21:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by Leliel at 2013-07-13 10:21:30
关键是现有的版本4.6.2的里面貌似是没有的，至少没有Martini的力场。请问如果是改源代码的话，是怎么修改？是top或者itp之类的么？？...

第一优先考虑用内置的力场 或者在上面加一些参数 这个是最好实现的
第二考虑将其他现成的力场引入到gromacs中，这个如果对md理解够深，可以实现
第三自己做力场，这个问题太大了，不要以为很简单，给几个数就完了，现在关于膜蛋白的模拟本身就有很多问题，就算你的力场单独没有问题，但是和蛋白间的作用呢？ 是否能够匹配，都是问题。一般都是要加额外的限制去固定蛋白。
如果你只是本科生，想跟着参与实验，那你就多看些资料吧，不要着急动手去做，此时绝非拍拍脑袋就能搞定的。
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-13 13:05:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-07-13 13:05:53
第一优先考虑用内置的力场 或者在上面加一些参数 这个是最好实现的
第二考虑将其他现成的力场引入到gromacs中，这个如果对md理解够深，可以实现
第三自己做力场，这个问题太大了，不要以为很简单，给几个数就完了 ...

是DNA 写的时候忘掉了……
赞一下 回复此楼
5楼2013-07-13 13:08:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yaozhq at 2013-07-13 13:05:53
第一优先考虑用内置的力场 或者在上面加一些参数 这个是最好实现的
第二考虑将其他现成的力场引入到gromacs中，这个如果对md理解够深，可以实现
第三自己做力场，这个问题太大了，不要以为很简单，给几个数就完了 ...

你好，毕竟是粗粒化模型，和全原子模型是不一样的，没法在已有的基础上添加参数啊（在我看来）
而且我也没有着急，只是在熟悉gromacs，做了一些简单的全原子模拟。我已经看了有关粗粒化模拟的多篇文献，感觉对其有了一些把握，所以才想做一些例子。
至于你所提到的两个体系间的相互作用，这个师兄也和我提到了，这些参数我认为我们都需要自己加入，需要一步步的进行验证！
赞一下 回复此楼
God‘s in his heaven，all's right with the world。
6楼2013-07-13 15:09:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你做的体系很常见吧  不可能要自己写
MARTINI力场在这里下就行了http://md.chem.rug.nl/cgmartini/
赞一下 回复此楼
7楼2013-07-14 20:13:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Leliel

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-07-14 20:13:50
你做的体系很常见吧  不可能要自己写
MARTINI力场在这里下就行了http://md.chem.rug.nl/cgmartini/

martini的力场我是有的，在这个网站上找到了，但是DNA的话不能用这个力场啊，我是想模拟膜和DNA的作用，所以这是2个力场的杂交，不知道你能明白么....
赞一下 回复此楼
God‘s in his heaven，all's right with the world。
8楼2013-07-15 15:13:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-07-14 20:13:50
你做的体系很常见吧  不可能要自己写
MARTINI力场在这里下就行了http://md.chem.rug.nl/cgmartini/

你好，我想问下，这个下下来怎么用阿，谢谢哦
赞一下 回复此楼
我有我世界。。。
9楼2014-06-23 14:35:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xxj9618

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Leliel at 2013-07-15 15:13:25
martini的力场我是有的，在这个网站上找到了，但是DNA的话不能用这个力场啊，我是想模拟膜和DNA的作用，所以这是2个力场的杂交，不知道你能明白么.......

请问这个martini下下来之后该如何使用。谢谢阿
赞一下 回复此楼
我有我世界。。。
10楼2014-06-23 14:36:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Leliel 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +14 晴天加油 2026-08-26 15/750 2026-08-29 11:06 by biily
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 10:18 by winsaint
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 09:48 by G6APbkg8SA6w
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 09:39 by G6APbkg8SA6w
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 09:28 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[职场人生] 学生撞见辅导员送外卖，第二天全班都沉默了 +3 鲸鱼融金_浙江_� 2026-08-22 3/150 2026-08-26 09:01 by zzuzxg
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭