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gromacs pull的问题！10金币 已有1人参与
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设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A 我的办法1，设定蛋白A是参考组，pull B,但是离子B停留在蛋白A中心不再向下穿透。 办法2，在通道A另一端设置一个参考离子C，把B向离子C 拉动，但是离子没有向蛋白方向运动而是从另一侧反向接近C。 请问怎么回事，我mdp设置砍了好几遍也看不出解决问题的方法 有没有人知道啊？ |
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2楼2013-12-11 17:00:03
3楼2013-12-11 17:36:26
4楼2013-12-11 19:53:39
5楼2013-12-11 21:39:46
【答案】应助回帖
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月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-12 08:30:44
3115321: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-22 22:31:35
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-12 08:30:44
3115321: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-22 22:31:35
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我觉得最正确的操作是： 仔细阅读手册上有关pull 的有关命令，再结合你要模拟的内容，搞明白如何设置参数。 用gromacs 的 pull code 我也做过一些模拟， 根据“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A” 这个目标，要是我的话，“pull_geometry = direction” 肯定行的。只是你在3楼贴的”pull-vec1 “ 命令也是要做调整的，我给你提示了，可能你还没有理解手册上的内容。还有一个”pull-rate1 = 0.001“，我不知道你这个值是根据什么设置的？ 现在的提示已经非常明确了，多多思考吧。 祝好运！ |
6楼2013-12-11 22:09:01
7楼2013-12-22 21:03:05
8楼2015-01-14 15:06:55
