应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs pull的问题！10金币
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 1584  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

3115321

铁虫 (正式写手)

[求助] gromacs pull的问题！10金币 已有1人参与

设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A
我的办法1，设定蛋白A是参考组，pull B,但是离子B停留在蛋白A中心不再向下穿透。
办法2，在通道A另一端设置一个参考离子C，把B向离子C 拉动，但是离子没有向蛋白方向运动而是从另一侧反向接近C。
请问怎么回事，我mdp设置砍了好几遍也看不出解决问题的方法
有没有人知道啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-12-11 16:52:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-11 18:21:31
你不把你的 MDP文件的pull部分贴出来，恐怕只有神仙知道，
还有你仔细确认过你设置的 A B吗？
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-12-11 17:00:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3115321

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 17:00:03
你不把你的 MDP文件的pull部分贴出来，恐怕只有神仙知道，
还有你仔细确认过你设置的 A B吗？

pull = umbrella
pull-geometry = distance
pull-dim =N N Y
pull-ngroups = 1
pull-start = yes
pull-pbcatom1 = 0
pull-group0 = protein
pull-group1 = CL
pull-vec1 = 0 0 0
pull-init1 = 0
pull-rate1 = 0.001
pull-k1 = 1000
freezegrps = na
freezedim = Y Y Y
赞一下 回复此楼
3楼2013-12-11 17:36:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-12 08:30:39
1、你真的理解了你贴的那些命令的意思吗？？？
     建议你把手册这段命令再仔细阅读理解一下，读完也许你就知道为你这些命令运行完，会是你在一楼说的那样。

2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A”
      如果是我，我会选择“pull_geometry   = direction” ，提示到此，其他的设置请仔细阅读手册吧。

3、祝好运！
赞一下 回复此楼
4楼2013-12-11 19:53:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3115321

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 19:53:39
1、你真的理解了你贴的那些命令的意思吗？？？
     建议你把手册这段命令再仔细阅读理解一下，读完也许你就知道为你这些命令运行完，会是你在一楼说的那样。

2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B ...

用direction也跨不过中间，只能分两步走，先到中心位置，然后再另外设置一个参考点跨越后半部分。是不是应该这样操作？
赞一下 回复此楼
5楼2013-12-11 21:39:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-12 08:30:44
3115321: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-22 22:31:35
引用回帖:
5楼: Originally posted by 3115321 at 2013-12-11 21:39:46
用direction也跨不过中间，只能分两步走，先到中心位置，然后再另外设置一个参考点跨越后半部分。是不是应该这样操作？...

我觉得最正确的操作是：
仔细阅读手册上有关pull  的有关命令，再结合你要模拟的内容，搞明白如何设置参数。

用gromacs 的 pull code 我也做过一些模拟， 根据“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A” 这个目标，要是我的话，“pull_geometry   = direction” 肯定行的。只是你在3楼贴的”pull-vec1 “ 命令也是要做调整的，我给你提示了，可能你还没有理解手册上的内容。还有一个”pull-rate1 = 0.001“，我不知道你这个值是根据什么设置的？

现在的提示已经非常明确了，多多思考吧。
祝好运！
赞一下 回复此楼
6楼2013-12-11 22:09:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3115321

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 22:09:01
我觉得最正确的操作是：
仔细阅读手册上有关pull  的有关命令，再结合你要模拟的内容，搞明白如何设置参数。

用gromacs 的 pull code 我也做过一些模拟， 根据“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通 ...

现在模拟成功了，但是又有问题
伞状采样是不是只有在伞状拉伸后才能做，还是说可以在constant-force恒力拉伸情况下也可以？,
赞一下 回复此楼
7楼2013-12-22 21:03:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wpl324

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 22:09:01
我觉得最正确的操作是：
仔细阅读手册上有关pull  的有关命令，再结合你要模拟的内容，搞明白如何设置参数。

用gromacs 的 pull code 我也做过一些模拟， 根据“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通 ...

您好！我在做一个将高聚物链施加外力拉进双层石墨烯片层之间的MDS，pull code这块儿想用umbrella direction，分子链和石墨烯都已经平行与xoz平面，分子链也平行于x轴，我设置的pull-vec1=（1.0 0.0 0.0），哪里有问题？手册上关于pull-vec1的介绍我没看太明白，希望请您指导一下！万分感谢！！！
赞一下 回复此楼
8楼2015-01-14 15:06:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 3115321 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 327求调剂 +6 Xxjc1107. 2026-04-06 7/350 2026-04-08 01:15 by BruceLiu320
[考研] 一志愿吉大化学327求调剂 +10 王王白石 2026-04-06 11/550 2026-04-07 23:54 by JourneyLucky
[考研] 269求调剂 +3 啊啊我我 2026-04-07 3/150 2026-04-07 18:25 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +11 张zic 2026-04-05 12/600 2026-04-07 17:20 by 橘咂！
[考研] 生物学求调剂 一志愿沪9，326分 +6 刘墨墨 2026-04-06 6/300 2026-04-06 19:36 by lijunpoly
[考研] 一志愿国科大信工所,英二数二408总分293分求调剂 +3 ilcyuan 2026-04-02 4/200 2026-04-06 16:35 by likeihood
[考研] 求调剂 +10 chenxrlkx 2026-04-05 10/500 2026-04-06 11:31 by 猪会飞
[考研] 0857大类环境工程B区求调剂 +3 龚禹铭 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:22 by 蓝云思雨
[考研] 332求调剂 +17 小小孟... 2026-04-05 18/900 2026-04-06 09:51 by 蓝云思雨
[考研] 求生物学学硕调剂——364分 +7 云朵遛弯指南 2026-04-04 7/350 2026-04-04 22:49 by zhyzzh
[考研] 本9一志愿2 0854低分专硕286求调剂 +9 芒种111 2026-04-04 9/450 2026-04-04 11:01 by tangruihua
[考研] 一志愿双非085502，267分，过四级求调剂 +3 再忙也要吃饭啊 2026-04-03 3/150 2026-04-04 05:03 by gswylq
[考研] 320调剂 +4 农业工程与信息� 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:40 by lbsjt
[考研] 335求调剂 +7 沈清璃 2026-04-03 7/350 2026-04-03 18:55 by lijunpoly
[考研] 266求调剂 +3 08电气工程 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:05 by 1753564080
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +9 哇呼哼呼哼 2026-04-02 9/450 2026-04-03 12:05 by 1753564080
[考博] 申博求助 +3 Reee1Llll 2026-04-01 3/150 2026-04-02 22:29 by 这是一个无聊的�
[考研] 农学考研求调剂 +3 dkdkxm 2026-04-01 3/150 2026-04-02 16:04 by wangjagri
[考研] 324求调剂 +5 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 10:16 by sanrepian
[考研] 303分 0807学硕求调剂 +3 TYC3632 2026-04-01 3/150 2026-04-01 19:24 by lwk2004
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭