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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs pull的问题！10金币
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3115321

铁虫 (正式写手)

[求助] gromacs pull的问题！10金币 已有1人参与

设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A
我的办法1，设定蛋白A是参考组，pull B,但是离子B停留在蛋白A中心不再向下穿透。
办法2，在通道A另一端设置一个参考离子C，把B向离子C 拉动，但是离子没有向蛋白方向运动而是从另一侧反向接近C。
请问怎么回事，我mdp设置砍了好几遍也看不出解决问题的方法
有没有人知道啊？
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1楼 2013-12-11 16:52:43
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-11 18:21:31
你不把你的 MDP文件的pull部分贴出来，恐怕只有神仙知道，
还有你仔细确认过你设置的 A B吗？
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2楼2013-12-11 17:00:03
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3115321

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 17:00:03
你不把你的 MDP文件的pull部分贴出来，恐怕只有神仙知道，
还有你仔细确认过你设置的 A B吗？

pull = umbrella
pull-geometry = distance
pull-dim =N N Y
pull-ngroups = 1
pull-start = yes
pull-pbcatom1 = 0
pull-group0 = protein
pull-group1 = CL
pull-vec1 = 0 0 0
pull-init1 = 0
pull-rate1 = 0.001
pull-k1 = 1000
freezegrps = na
freezedim = Y Y Y
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3楼2013-12-11 17:36:26
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-12 08:30:39
1、你真的理解了你贴的那些命令的意思吗？？？
     建议你把手册这段命令再仔细阅读理解一下，读完也许你就知道为你这些命令运行完，会是你在一楼说的那样。

2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A”
      如果是我，我会选择“pull_geometry   = direction” ，提示到此，其他的设置请仔细阅读手册吧。

3、祝好运！
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4楼2013-12-11 19:53:39
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3115321

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 19:53:39
1、你真的理解了你贴的那些命令的意思吗？？？
     建议你把手册这段命令再仔细阅读理解一下，读完也许你就知道为你这些命令运行完，会是你在一楼说的那样。

2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B ...

用direction也跨不过中间，只能分两步走，先到中心位置，然后再另外设置一个参考点跨越后半部分。是不是应该这样操作？
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5楼2013-12-11 21:39:46
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-12 08:30:44
3115321: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-22 22:31:35
引用回帖:
5楼: Originally posted by 3115321 at 2013-12-11 21:39:46
用direction也跨不过中间，只能分两步走，先到中心位置，然后再另外设置一个参考点跨越后半部分。是不是应该这样操作？...

我觉得最正确的操作是：
仔细阅读手册上有关pull  的有关命令，再结合你要模拟的内容，搞明白如何设置参数。

用gromacs 的 pull code 我也做过一些模拟， 根据“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A” 这个目标，要是我的话，“pull_geometry   = direction” 肯定行的。只是你在3楼贴的”pull-vec1 “ 命令也是要做调整的，我给你提示了，可能你还没有理解手册上的内容。还有一个”pull-rate1 = 0.001“，我不知道你这个值是根据什么设置的？

现在的提示已经非常明确了，多多思考吧。
祝好运！
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6楼2013-12-11 22:09:01
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3115321

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 22:09:01
我觉得最正确的操作是：
仔细阅读手册上有关pull  的有关命令，再结合你要模拟的内容，搞明白如何设置参数。

用gromacs 的 pull code 我也做过一些模拟， 根据“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通 ...

现在模拟成功了，但是又有问题
伞状采样是不是只有在伞状拉伸后才能做，还是说可以在constant-force恒力拉伸情况下也可以？,
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7楼2013-12-22 21:03:05
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wpl324

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 22:09:01
我觉得最正确的操作是：
仔细阅读手册上有关pull  的有关命令，再结合你要模拟的内容，搞明白如何设置参数。

用gromacs 的 pull code 我也做过一些模拟， 根据“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通 ...

您好！我在做一个将高聚物链施加外力拉进双层石墨烯片层之间的MDS，pull code这块儿想用umbrella direction，分子链和石墨烯都已经平行与xoz平面，分子链也平行于x轴，我设置的pull-vec1=（1.0 0.0 0.0），哪里有问题？手册上关于pull-vec1的介绍我没看太明白，希望请您指导一下！万分感谢！！！
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8楼2015-01-14 15:06:55
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