24小时热门版块排行榜    

查看: 1554  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

3115321

铁虫 (正式写手)

[求助] gromacs pull的问题!10金币 已有1人参与

设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B,想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A
我的办法1,设定蛋白A是参考组,pull B,但是离子B停留在蛋白A中心不再向下穿透。
办法2,在通道A另一端设置一个参考离子C,把B向离子C 拉动,但是离子没有向蛋白方向运动而是从另一侧反向接近C。
请问怎么回事,我mdp设置砍了好几遍也看不出解决问题的方法
有没有人知道啊?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3115321

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 19:53:39
1、你真的理解了你贴的那些命令的意思吗???
     建议你把手册这段命令再仔细阅读理解一下,读完也许你就知道为你这些命令运行完,会是你在一楼说的那样。

2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B,想让B ...

用direction也跨不过中间,只能分两步走,先到中心位置,然后再另外设置一个参考点跨越后半部分。是不是应该这样操作?
5楼2013-12-11 21:39:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-11 18:21:31
你不把你的 MDP文件的pull部分贴出来,恐怕只有神仙知道,
还有你仔细确认过你设置的 A B吗?
2楼2013-12-11 17:00:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3115321

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 17:00:03
你不把你的 MDP文件的pull部分贴出来,恐怕只有神仙知道,
还有你仔细确认过你设置的 A B吗?

pull = umbrella
pull-geometry = distance
pull-dim =N N Y
pull-ngroups = 1
pull-start = yes
pull-pbcatom1 = 0
pull-group0 = protein
pull-group1 = CL
pull-vec1 = 0 0 0
pull-init1 = 0
pull-rate1 = 0.001
pull-k1 = 1000
freezegrps = na
freezedim = Y Y Y
3楼2013-12-11 17:36:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-12-12 08:30:39
1、你真的理解了你贴的那些命令的意思吗???
     建议你把手册这段命令再仔细阅读理解一下,读完也许你就知道为你这些命令运行完,会是你在一楼说的那样。

2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B,想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A”
      如果是我,我会选择“pull_geometry   = direction” ,提示到此,其他的设置请仔细阅读手册吧。

3、祝好运!
4楼2013-12-11 19:53:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 285化工学硕求调剂(081700) +10 柴郡猫_ 2026-03-12 10/500 2026-03-19 09:20 by 30660438
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +3 xbxudjdn 2026-03-18 3/150 2026-03-18 22:14 by zhq0425
[考研] 354求调剂 +4 Tyoumou 2026-03-18 7/350 2026-03-18 21:45 by Tyoumou
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +6 困于星晨 2026-03-17 6/300 2026-03-18 10:21 by kkcoco25
[考研] 265求调剂 +3 梁梁校校 2026-03-17 3/150 2026-03-18 09:12 by zhukairuo
[考研] 085600材料与化工求调剂 +5 绪幸与子 2026-03-17 5/250 2026-03-17 16:40 by laoshidan
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 一志愿,福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗? 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
信息提示
请填处理意见