应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs pull的问题！10金币
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1568  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

3115321

铁虫 (正式写手)

[求助] gromacs pull的问题！10金币 已有1人参与

设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A
我的办法1，设定蛋白A是参考组，pull B,但是离子B停留在蛋白A中心不再向下穿透。
办法2，在通道A另一端设置一个参考离子C，把B向离子C 拉动，但是离子没有向蛋白方向运动而是从另一侧反向接近C。
请问怎么回事，我mdp设置砍了好几遍也看不出解决问题的方法
有没有人知道啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-12-11 16:52:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3115321

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 19:53:39
1、你真的理解了你贴的那些命令的意思吗？？？
     建议你把手册这段命令再仔细阅读理解一下，读完也许你就知道为你这些命令运行完，会是你在一楼说的那样。

2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B ...

用direction也跨不过中间，只能分两步走，先到中心位置，然后再另外设置一个参考点跨越后半部分。是不是应该这样操作？
赞一下 回复此楼
5楼2013-12-11 21:39:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-11 18:21:31
你不把你的 MDP文件的pull部分贴出来，恐怕只有神仙知道，
还有你仔细确认过你设置的 A B吗？
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-12-11 17:00:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

3115321

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 17:00:03
你不把你的 MDP文件的pull部分贴出来，恐怕只有神仙知道，
还有你仔细确认过你设置的 A B吗？

pull = umbrella
pull-geometry = distance
pull-dim =N N Y
pull-ngroups = 1
pull-start = yes
pull-pbcatom1 = 0
pull-group0 = protein
pull-group1 = CL
pull-vec1 = 0 0 0
pull-init1 = 0
pull-rate1 = 0.001
pull-k1 = 1000
freezegrps = na
freezedim = Y Y Y
赞一下 回复此楼
3楼2013-12-11 17:36:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-12 08:30:39
1、你真的理解了你贴的那些命令的意思吗？？？
     建议你把手册这段命令再仔细阅读理解一下，读完也许你就知道为你这些命令运行完，会是你在一楼说的那样。

2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A”
      如果是我，我会选择“pull_geometry   = direction” ，提示到此，其他的设置请仔细阅读手册吧。

3、祝好运！
赞一下 回复此楼
4楼2013-12-11 19:53:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 337求调剂 +5 《树》 2026-03-29 5/250 2026-03-30 07:38 by Iveryant
[考研] 299求调剂 +10 15188958825 2026-03-25 10/500 2026-03-29 17:51 by 王亮_大连医科大
[考研] 一志愿北京理工大学本科211材料工程294求调剂 +8 mikasa的围巾 2026-03-28 8/400 2026-03-29 12:48 by 无际的草原
[考研] 332求92调剂 +8 蕉蕉123 2026-03-28 8/400 2026-03-29 10:46 by 周梓丹
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +4 IceGuo 2026-03-26 5/250 2026-03-29 01:25 by griffith2014
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-03-26 6/300 2026-03-29 01:11 by hanserlol
[考研] 315求调剂 +4 akie... 2026-03-28 5/250 2026-03-28 21:05 by zhq0425
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +7 1428151015 2026-03-27 7/350 2026-03-28 19:58 by S240
[考研] 394求调剂 +3 好事多磨静候佳� 2026-03-26 5/250 2026-03-28 14:24 by 唐沐儿
[考研] 药学105500求调剂 +3 Ssun。。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 11:24 by lxf170613
[考研] 求调剂推荐 材料 304 +15 荷包蛋hyj 2026-03-26 15/750 2026-03-28 04:13 by fmesaito
[考研] 求调剂 +4 零八# 2026-03-27 4/200 2026-03-27 18:07 by yu221
[考研] 07化学280分求调剂 +10 722865 2026-03-23 10/500 2026-03-27 15:51 by Plutoqq
[考研] 0856调剂 +5 求求让我有书读� 2026-03-26 6/300 2026-03-27 15:12 by caszguilin
[考研] 08开头275求调剂 +4 拉谁不重要 2026-03-26 4/200 2026-03-27 14:12 by Delta2012
[考研] 一志愿华东理工大学081700，初试分数271 +6 kotoko_ik 2026-03-23 7/350 2026-03-27 12:29 by 惠州彭于晏
[考研] 304材料求调剂 +4 钟llll 2026-03-26 4/200 2026-03-27 03:42 by wxiongid
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:03 by Ainin_
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
[考研] 328求调剂 +4 LHHL66 2026-03-23 4/200 2026-03-23 14:55 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭