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3115321

铁虫 (正式写手)

[求助] gromacs pull的问题!10金币 已有1人参与

设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B,想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A
我的办法1,设定蛋白A是参考组,pull B,但是离子B停留在蛋白A中心不再向下穿透。
办法2,在通道A另一端设置一个参考离子C,把B向离子C 拉动,但是离子没有向蛋白方向运动而是从另一侧反向接近C。
请问怎么回事,我mdp设置砍了好几遍也看不出解决问题的方法
有没有人知道啊?
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3115321

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 19:53:39
1、你真的理解了你贴的那些命令的意思吗???
     建议你把手册这段命令再仔细阅读理解一下,读完也许你就知道为你这些命令运行完,会是你在一楼说的那样。

2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B,想让B ...

用direction也跨不过中间,只能分两步走,先到中心位置,然后再另外设置一个参考点跨越后半部分。是不是应该这样操作?
5楼2013-12-11 21:39:46
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-11 18:21:31
你不把你的 MDP文件的pull部分贴出来,恐怕只有神仙知道,
还有你仔细确认过你设置的 A B吗?
2楼2013-12-11 17:00:03
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3115321

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-12-11 17:00:03
你不把你的 MDP文件的pull部分贴出来,恐怕只有神仙知道,
还有你仔细确认过你设置的 A B吗?

pull = umbrella
pull-geometry = distance
pull-dim =N N Y
pull-ngroups = 1
pull-start = yes
pull-pbcatom1 = 0
pull-group0 = protein
pull-group1 = CL
pull-vec1 = 0 0 0
pull-init1 = 0
pull-rate1 = 0.001
pull-k1 = 1000
freezegrps = na
freezedim = Y Y Y
3楼2013-12-11 17:36:26
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-12-12 08:30:39
1、你真的理解了你贴的那些命令的意思吗???
     建议你把手册这段命令再仔细阅读理解一下,读完也许你就知道为你这些命令运行完,会是你在一楼说的那样。

2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B,想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A”
      如果是我,我会选择“pull_geometry   = direction” ,提示到此,其他的设置请仔细阅读手册吧。

3、祝好运!
4楼2013-12-11 19:53:39
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