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zhangmao511铁虫 (小有名气)
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膜蛋白Gromacs模拟的问题 已有1人参与
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小弟在用Gromacs模拟膜蛋白遇到一些问题，请教一下大家，谢谢！！ 1. 我从网上DOWNLOAD到一个DPPC的膜，包含128个DPPC和3665个SPC水分子。我是直接拿过来上模拟呢，还是需要做先做一些处理呢（比如NPT，MD一下）？ 2. 就是，我从网上DOWNLOAD到的DPPC的膜只有128个DPPC分子，我觉得里面的DPPC分子少了，我想把膜的面积再铺大一些，具体的实施方法如何操作呢？？  3.jpg |
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zhangmao511
铁虫 (小有名气)
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- 专业: 蛋白质组学
3楼2014-11-07 11:20:25
2楼2014-11-07 09:52:17
zhangmao511
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4楼2014-11-07 11:20:48
【答案】应助回帖
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（1）n=1，2，3，4，5。。。一般做方形的膜，每层的lipid数是6的平方、7的平方、8的平方等等。 （2）假如在xy方向上，膜的尺寸为x1、x2。下载的膜的结构记为conf0.pdb；把所有原子的x坐标加上x1，得到的新结构记为conf1.pdb；把所有原子的y坐标加上x2，得到的新结构记为conf2.pdb；把所有原子的x、y坐标分别加上x1、x2，得到的结构记为conf3.pdb。 把conf0.pdb conf1.pd conf2.pdb conf3.pdb 合并成一个文件，记为new.pdb，new.pdb中含有2×256个lipid。 最后根据自己的需要，适当删除一些lipid。例如你想要2×196个lipid的膜，每层删除60个lipids。 |
5楼2014-11-07 13:40:57