应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs NEMD模拟
131/2返回列表12下一页
查看: 2711  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

明月照清渠

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs NEMD模拟

看gromacs手册，发现gromacs可以跑NEMD，但是不知道NEMD的mdp哪里可以参考，希望用gromacs跑过NEMD的同学能帮下忙~~不胜感激~~最好有详细说明，谢谢~~

[ 来自科研家族 深海家族 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-12-06 21:59:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-06 22:42:57
我要打击一下你
1、读研貌似文献搜索的本事一定得有
2、你知道啥是“NEMD”不？
3、“最好有详细说明”不如我替你模拟了。
4、你知道你具体要模拟什么吗？你读过几篇与你研究相关的文献？你仔细阅读过几篇与你研 ...

哎~自诩懂得的人哪！以后说话不要这么刻薄，发帖子的大多都是找过没自己想要的才发的。问的高深了你也不懂吧？
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2012-12-07 10:09:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aileen2010

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流，介绍的真详细 2012-12-07 10:41:35
明月照清渠: 金币+5, ★有帮助, 谢谢哦~~我想设置一下自动删除分子或者只在一定范围内加力的 2012-12-07 16:02:25
NEMD的设置参数有acc_grps accelerate freezegrps freezedim cos_acceleration deform
要是算黏度 就是设置cos_acceleration 给体系施加一个余弦分布的加速度 在说明书第7章7.3.24写的挺清楚 一看就会啦
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2012-12-07 10:39:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 很有道理~ 2012-12-07 07:57:08
1

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 10:16 ]
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-06 22:42:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明月照清渠

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-06 22:42:57
我要打击一下你
1、读研貌似文献搜索的本事一定得有
2、你知道啥是“NEMD”不？
3、“最好有详细说明”不如我替你模拟了。
4、你知道你具体要模拟什么吗？你读过几篇与你研究相关的文献？你仔细阅读过几篇与你研 ...

gromacs里面提到的是平衡动力学的例子~~没有非平衡动力学的~~虽然会自动提到好多帖子，但是没有跟NEMD相关的呀，我也是查了好几天才发帖的，不知道不要乱说好不好~~
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-07 08:49:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2012-12-07 08:49:08
gromacs里面提到的是平衡动力学的例子~~没有非平衡动力学的~~虽然会自动提到好多帖子，但是没有跟NEMD相关的呀，我也是查了好几天才发帖的，不知道不要乱说好不好~~...

哈哈，sorry

先推荐看看平衡态和非平衡态的介绍：
http://wenku.baidu.com/view/e330caf6ba0d4a7302763ae5.html
http://wenku.baidu.com/view/04ef16d533d4b14e8524686a.html

然后gromacs手册里面的一段介绍：


那么比如说我要模拟一个管道内的泊肃叶流动，这就是NEMD吧？除了设置MD模拟的其他参数，NEMD parameters 就是要给流体分子都施加压力吧？

再比如，我要模拟带电粒子在电场中的运动，NEMD parameters 就是给模拟体系设置外加电场吧？

你清楚你要模拟什么样的NEMD 了吗？再仔细阅读手册吧，很快你就知道怎么设置了。

个人理解，请多指教！

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 09:30 ]
赞一下 回复此楼
4楼2012-12-07 09:28:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明月照清渠

金虫 (小有名气)
我也是看了这一段才想问问如何做NEMD的，我一直在做的就是给体系加力，但是我想设置一下，将力加到特定位置处，力能够自动消失~~
赞一下 回复此楼
5楼2012-12-07 09:47:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明月照清渠

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-07 09:28:24
哈哈，sorry

先推荐看看平衡态和非平衡态的介绍：
http://wenku.baidu.com/view/e330caf6ba0d4a7302763ae5.html
http://wenku.baidu.com/view/04ef16d533d4b14e8524686a.html

然后gromacs手册里面的一 ...

我也是看了这一段才想问问如何做NEMD的，我一直在做的就是给体系加力，但是我想设置一下，将力加到特定位置处，力能够自动消失~~
赞一下 回复此楼
6楼2012-12-07 09:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张筱宇
7楼2012-12-07 10:08:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 北木 at 2012-12-07 10:09:57
哎~自诩懂得的人哪！以后说话不要这么刻薄，发帖子的大多都是找过没自己想要的才发的。问的高深了你也不懂吧？...

sorry

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 10:18 ]
回复此楼
9楼2012-12-07 10:16:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 明月照清渠 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +4 简单化xn 2026-08-22 8/400 2026-08-23 07:20 by ilovexiaobin
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +11 羊腰板 2026-08-21 11/550 2026-08-22 22:03 by lsbin3733
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭