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明月照清渠金虫 (小有名气)
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[求助]
gromacs NEMD模拟
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看gromacs手册，发现gromacs可以跑NEMD，但是不知道NEMD的mdp哪里可以参考，希望用gromacs跑过NEMD的同学能帮下忙~~不胜感激~~最好有详细说明，谢谢~~ [ 来自科研家族 深海家族 ] |
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 Gromacs |
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8楼2012-12-07 10:09:57
【答案】应助回帖
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明月照清渠: 金币+5, ★有帮助, 谢谢哦~~我想设置一下自动删除分子或者只在一定范围内加力的 2012-12-07 16:02:25
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NEMD的设置参数有acc_grps accelerate freezegrps freezedim cos_acceleration deform 要是算黏度 就是设置cos_acceleration 给体系施加一个余弦分布的加速度 在说明书第7章7.3.24写的挺清楚 一看就会啦  |
10楼2012-12-07 10:39:50
2楼2012-12-06 22:42:57
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gromacs里面提到的是平衡动力学的例子~~没有非平衡动力学的~~虽然会自动提到好多帖子，但是没有跟NEMD相关的呀，我也是查了好几天才发帖的，不知道不要乱说好不好~~ 3楼2012-12-07 08:49:08
【答案】应助回帖
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哈哈，sorry 先推荐看看平衡态和非平衡态的介绍： http://wenku.baidu.com/view/e330caf6ba0d4a7302763ae5.html http://wenku.baidu.com/view/04ef16d533d4b14e8524686a.html 然后gromacs手册里面的一段介绍：  那么比如说我要模拟一个管道内的泊肃叶流动，这就是NEMD吧？除了设置MD模拟的其他参数，NEMD parameters 就是要给流体分子都施加压力吧？ 再比如，我要模拟带电粒子在电场中的运动，NEMD parameters 就是给模拟体系设置外加电场吧？ 你清楚你要模拟什么样的NEMD 了吗？再仔细阅读手册吧，很快你就知道怎么设置了。 个人理解，请多指教！ [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 09:30 ] |
4楼2012-12-07 09:28:24
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5楼2012-12-07 09:47:21
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