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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs4.5.5安装问题
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qingtian510

银虫 (初入文坛)

[求助] gromacs4.5.5安装问题

我在Redhat5.5上安装Gromacs4.5.5，按照之前搜到的一种步骤安装：
GROMACS安装流程
   （1）首先在root用户下的.bashrc添加环境变量，这对安装非常重要。
    export PATH=$PATH:/home/个人用户名/lam-7.1.4/bin
    export CPPFLAGS=-I/home/个人用户名/fftw-3.3/include
    export LDFLAGS=-L/home/个人用户名/fftw-3.3/lib
    export PATH=$PATH:/home/个人用户名/gromacs-4.5.5/bin

　　(2) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码 （我是手动解压的）
　　tar -zxvf lam-7.1.4.tar.gz
    tar -zxvf fftw-3.3.tar.gz
　　tar –zxvf gromacs-4.5.5.tar.gz
　　
    (3) 编译lam-mpi
     cd lam-7.1.4
     ./configure
　   make
　　 make install
　　　　
　　(4) 编译fftw单双精度版
　　cd fftw-3.3
　　./configure
　　make
　　make install
　
　　(5) 编译gromacs
     cd gromacs-4.5.5
      ./configure --prefix=/home/个人用户名/gromacs-4.5.5 --enable-mpi
　　 make
　　 make install
当运行到 ./configure --prefix=/home/个人用户名/gromacs-4.5.5 --enable-mpi 时，显示configure error: Cannot find fftw3f library,请教某位大侠给予周到下该怎么办？
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奋斗吧，少年
1楼 2013-09-07 11:29:25
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lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
环境变量文件.bashrc 要source一下
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2楼2013-09-07 19:16:44
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qingtian510

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lisuperyao at 2013-09-07 19:16:44
环境变量文件.bashrc 要source一下

我记得好像试过source  .bashrc，不管用，我再试下，除了这个问题，还会不会是其他问题呢？
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奋斗吧，少年
3楼2013-09-08 12:26:25
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在安装软件过程中遇到的很多问题，大多数都是可以通过google搜索来解决的。你这个问题就可以把出现的问题贴到google搜索中去检索，会找到很多类似的问题并且有处理办法的。
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努力的生活着
4楼2013-09-09 10:48:47
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lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by qingtian510 at 2013-09-08 12:26:25
我记得好像试过source  .bashrc，不管用，我再试下，除了这个问题，还会不会是其他问题呢？...

fftw编译还要有些指令  具体结合你的需求 百度一下 有很多例子的
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5楼2013-09-09 13:21:21
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
qingtian510: 金币+5, ★有帮助 2013-09-23 17:02:40
你在安装configure过程中，提示你缺少的库文件，是fftw单精度版的库文件。你在进行fftw configure的时候如果不加任何option，默认是进行双精度版本的configure。在你命令的基础上，加上“--enable-float“，应该就不会出现问题了。
赞一下(2人) 回复此楼
努力的生活着
6楼2013-09-09 14:26:47
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