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nuaaxj

金虫 (小有名气)

[求助] 安装gromacs中碰到的问题,请高手帮忙解答,非常感谢!

新手,学习gromacs,在安装gromacs过程中遇到几个问题不明白,求高手解答。
1、安装的时候碰到gromac的并行版和单机版两个概念,这两个有什么区别呢,我就自己一台电脑装,应该装单机还是并行?
2、同样的,安装的时候碰到单精度和双精度的概念,安装的时候是两个都安装还是安装一个就行呀?
3、目前主流使用的的gromacs是哪个版本呢?

希望高手给解答一下,不甚感激!
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-08-13 10:03:15
nuaaxj: 金币+2 2013-08-14 21:51:03
1、你自己的台式机,装个单机版就行了,估计你的电脑也不会强大到哪里去。真正用于研究的模拟,单机肯定不够的,服务器上一般装并行版本的,有利于提高计算效率。
2、单精度就行了,双精度的计算很慢
3、安装最新的版本
2楼2013-08-12 15:54:03
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lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
nuaaxj: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-08-14 21:51:15
2楼回答的很好了
我想说最好找个人指导你 事半功倍
3楼2013-08-12 19:36:51
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
nuaaxj: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-08-14 21:51:31
1、你先查看一下你的电脑是几核的,如果是>2,还是建议装并行版本的吧。这样可以多核,并行快点。
2、单精度比双精度运行快,但是计算精度降低了(这就是字面意思呵呵,如果体系中不涉及到量化等等计算的部分,一般使用单精度)
3、新的版本BUG少,还是用最新版本的吧(但是建议不要用beta版的)
4楼2013-08-14 16:50:57
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nuaaxj

金虫 (小有名气)

非常感谢楼上的,目前是老板会用软件,但是不会装软件,自己摸索确实困难啊,到现在还没装好,哎
5楼2013-08-14 21:52:27
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saabx

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dubo at 2013-08-14 16:50:57
1、你先查看一下你的电脑是几核的,如果是>2,还是建议装并行版本的吧。这样可以多核,并行快点。
2、单精度比双精度运行快,但是计算精度降低了(这就是字面意思呵呵,如果体系中不涉及到量化等等计算的部分,一 ...

如果用QMMM,是不是必须要双精度呢?单精度和双精度做QMMM相差多少?谢谢!
6楼2013-08-30 10:14:54
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