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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 安装gromacs中碰到的问题，请高手帮忙解答，非常感谢！
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nuaaxj

金虫 (小有名气)

[求助] 安装gromacs中碰到的问题，请高手帮忙解答，非常感谢！

新手，学习gromacs，在安装gromacs过程中遇到几个问题不明白，求高手解答。
1、安装的时候碰到gromac的并行版和单机版两个概念，这两个有什么区别呢，我就自己一台电脑装，应该装单机还是并行？
2、同样的，安装的时候碰到单精度和双精度的概念，安装的时候是两个都安装还是安装一个就行呀？
3、目前主流使用的的gromacs是哪个版本呢？

希望高手给解答一下，不甚感激！
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1楼 2013-08-12 09:29:51
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-08-13 10:03:15
nuaaxj: 金币+2 2013-08-14 21:51:03
1、你自己的台式机，装个单机版就行了，估计你的电脑也不会强大到哪里去。真正用于研究的模拟，单机肯定不够的，服务器上一般装并行版本的，有利于提高计算效率。
2、单精度就行了，双精度的计算很慢
3、安装最新的版本
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2楼2013-08-12 15:54:03
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lisuperyao

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
nuaaxj: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-08-14 21:51:15
2楼回答的很好了
我想说最好找个人指导你 事半功倍
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3楼2013-08-12 19:36:51
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nuaaxj: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-08-14 21:51:31
1、你先查看一下你的电脑是几核的，如果是>2,还是建议装并行版本的吧。这样可以多核，并行快点。
2、单精度比双精度运行快，但是计算精度降低了（这就是字面意思呵呵，如果体系中不涉及到量化等等计算的部分，一般使用单精度）
3、新的版本BUG少，还是用最新版本的吧（但是建议不要用beta版的）
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4楼2013-08-14 16:50:57
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nuaaxj

金虫 (小有名气)
非常感谢楼上的，目前是老板会用软件，但是不会装软件，自己摸索确实困难啊，到现在还没装好，哎
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5楼2013-08-14 21:52:27
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saabx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dubo at 2013-08-14 16:50:57
1、你先查看一下你的电脑是几核的，如果是>2,还是建议装并行版本的吧。这样可以多核，并行快点。
2、单精度比双精度运行快，但是计算精度降低了（这就是字面意思呵呵，如果体系中不涉及到量化等等计算的部分，一 ...

如果用QMMM，是不是必须要双精度呢？单精度和双精度做QMMM相差多少？谢谢！
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6楼2013-08-30 10:14:54
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