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syd89522

木虫 (小有名气)

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专业: 理论和计算化学

[求助] 每次用gromacs在进行pr时都会出现fatal error，求解

Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (min.gro, 135914)
         does not match topology (Complex.top, 0)
有人说是complex。top文件出现的错误
complex。top文件如下：
; Include forcefield parameters
#include "ffG43a1.itp"

; Include chain topologies
#include "Complex_C.itp"
#include "Complex_D.itp"

; Include water topology
#include "spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound       #mols
Protein_C          1
Protein_D          1
SOL          44461
CL-                8

红字部分是我后来添加的氯离子
不知这个文件需要如何修改呢？

我用的pr。mdp文件如下：
title             =  ICL
cpp                =  /usr/bin/cpp
define             =  -DPOSRES
constraints       =  all-bonds
integrator       =  md
dt                =  0.002 ; ps !
nsteps             =  150000 ; total 300.0 ps.
nstcomm          =  1
nstxout          =  250
nstvout          =  1000
nstfout          =  0
nstlog             =  10
nstenergy          =  10
nstlist          =  10 ; 20 fs
ns_type          =  grid
rlist             =  1.0
coulombtype       =  PME
rcoulomb          =  1.0
vdwtype          =  cut-off
rvdw             =  1.4
fourierspacing       =  0.12
fourier_nx             =  0
fourier_ny             =  0
fourier_nz             =  0
pme_order             =  6
ewald_rtol             =  1e-5
optimize_fft          =  yes
; Berendsen temperature coupling is on in three groups
Tcoupl             =  berendsen
tau_t             =  0.1 0.1 0.1
tc_grps    =  protein  sol  Cl-
ref_t             =  300 300 300
; Pressure coupling is on
Pcoupl             =  parrinello-rahman
pcoupltype       =  isotropic
tau_p             =  0.5
compressibility    =  4.5e-5
ref_p             =  1.0
; Generate velocites is on at 300 K.
gen_vel          =  yes
gen_temp          =  300.0
gen_seed          =  173529

错误跟这个文件有关系吗？
本人菜鸟，请各位前辈不吝赐教！

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1楼2011-07-15 19:27:57

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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-31 19:48:37
syd89522(金币+5): 2011-08-01 16:12:31

引用回帖:

1楼: Originally posted by syd89522 at 2011-07-15 19:27:57:
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (min.gro, 135914)
does not match topology (Complex.top, 0)
有人说是complex。top文件出现的错误
complex。top文件如下：
; Includ ...

和你的mdp文件没有关系，检查你的gro文件，这个有问题。