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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 每次用gromacs在进行pr时都会出现fatal error，求解
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syd89522

木虫 (小有名气)

[求助] 每次用gromacs在进行pr时都会出现fatal error，求解

Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (min.gro, 135914)
             does not match topology (Complex.top, 0)
有人说是complex。top文件出现的错误
complex。top文件如下：
; Include forcefield parameters
#include "ffG43a1.itp"

; Include chain topologies
#include "Complex_C.itp"
#include "Complex_D.itp"

; Include water topology
#include "spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_C           1
Protein_D           1
SOL             44461
CL-                 8

红字部分是我后来添加的氯离子
不知这个文件需要如何修改呢？

我用的pr。mdp文件如下：
title               =  ICL
cpp                 =  /usr/bin/cpp
define              =  -DPOSRES
constraints         =  all-bonds
integrator          =  md
dt                  =  0.002    ; ps !
nsteps              =  150000   ; total 300.0 ps.
nstcomm             =  1
nstxout             =  250
nstvout             =  1000
nstfout             =  0
nstlog              =  10
nstenergy           =  10
nstlist             =  10   ; 20 fs
ns_type             =  grid
rlist               =  1.0
coulombtype         =  PME
rcoulomb            =  1.0
vdwtype             =  cut-off
rvdw                =  1.4
fourierspacing          =  0.12
fourier_nx              =  0
fourier_ny              =  0
fourier_nz              =  0
pme_order               =  6
ewald_rtol              =  1e-5
optimize_fft            =  yes
; Berendsen temperature coupling is on in three groups
Tcoupl              =  berendsen
tau_t               =  0.1   0.1   0.1
tc_grps     =  protein  sol  Cl-
ref_t               =  300   300   300
; Pressure coupling is on
Pcoupl              =  parrinello-rahman
pcoupltype          =  isotropic
tau_p               =  0.5
compressibility     =  4.5e-5
ref_p               =  1.0
; Generate velocites is on at 300 K.
gen_vel             =  yes
gen_temp            =  300.0
gen_seed            =  173529

错误跟这个文件有关系吗？
本人菜鸟，请各位前辈不吝赐教！
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走自己的路，让别人说去吧~不以物喜，不以己悲
1楼 2011-07-15 19:27:57
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-31 19:48:37
syd89522(金币+5): 2011-08-01 16:12:31
引用回帖:
1楼: Originally posted by syd89522 at 2011-07-15 19:27:57:
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (min.gro, 135914)
             does not match topology (Complex.top, 0)
有人说是complex。top文件出现的错误
complex。top文件如下：
; Includ ...

和你的mdp文件没有关系，检查你的gro文件，这个有问题。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-07-27 11:24:51
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-31 19:48:13
syd89522(金币+5): 2011-08-01 16:12:40
这很明显是*top的错误，都说了(Complex.top, 0)
就是说扫描你的top文件时，原子数为0，
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-07-30 10:52:51
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-07-31 19:48:25
syd89522(金币+5): 2011-08-01 16:12:47
你要先确定
; Include chain topologies
#include "Complex_C.itp"
#include "Complex_D.itp"

; Include water topology
#include "spce.itp"
这三个include文件没有问题
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-07-30 10:54:18
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syd89522

木虫 (小有名气)
谢谢楼上各位！我再去检查一下。
赞一下 回复此楼
走自己的路，让别人说去吧~不以物喜，不以己悲
5楼2011-08-01 16:14:17
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