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syd89522木虫 (小有名气)
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[求助]
每次用gromacs在进行pr时都会出现fatal error，求解
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Fatal error: number of coordinates in coordinate file (min.gro, 135914) does not match topology (Complex.top, 0) 有人说是complex。top文件出现的错误 complex。top文件如下： ; Include forcefield parameters #include "ffG43a1.itp" ; Include chain topologies #include "Complex_C.itp" #include "Complex_D.itp" ; Include water topology #include "spce.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include generic topology for ions #include "ions.itp" [ system ] ; Name Protein in water [ molecules ] ; Compound #mols Protein_C 1 Protein_D 1 SOL 44461 CL- 8 红字部分是我后来添加的氯离子 不知这个文件需要如何修改呢？ 我用的pr。mdp文件如下： title = ICL cpp = /usr/bin/cpp define = -DPOSRES constraints = all-bonds integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 150000 ; total 300.0 ps. nstcomm = 1 nstxout = 250 nstvout = 1000 nstfout = 0 nstlog = 10 nstenergy = 10 nstlist = 10 ; 20 fs ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 6 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes ; Berendsen temperature coupling is on in three groups Tcoupl = berendsen tau_t = 0.1 0.1 0.1 tc_grps = protein sol Cl- ref_t = 300 300 300 ; Pressure coupling is on Pcoupl = parrinello-rahman pcoupltype = isotropic tau_p = 0.5 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1.0 ; Generate velocites is on at 300 K. gen_vel = yes gen_temp = 300.0 gen_seed = 173529 错误跟这个文件有关系吗？ 本人菜鸟，请各位前辈不吝赐教！ |
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syd89522
木虫 (小有名气)
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5楼2011-08-01 16:14:17
