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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急求fftw3.3.1安装问题，解答
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friendy

银虫 (小有名气)

[求助] 急求fftw3.3.1安装问题，解答

我最近用cygwin安装gromacs。但是在安装fftw3.3.1的时候出现问题。
1）安装过程中没有报错。但是在安装gromacs4.4.5，./configure 提示错误，cannot find fftw3f library.
cygwin， gromacs ,fftw都 是从官网下载的
fftw我是安装的我自定义的文件夹下。
路径用setenv 命令做了设置。

2)我查看了下fftw 下/include /lib 文件夹，发现安装后文件很少，没有看到fftw3f为文件名的文件。
我查看了下fftw3.3.1 解压后的文件，也没有看到fftw3f文件名的文件

请高手指点下

另外我在redhat9.0下安装gromacs4.4.5也出现了同样的问题。
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1楼 2012-02-29 11:58:36
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friendy

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by qphll at 2012-03-02 09:02:49:
几点建议:

(1) cygwin不是长久之道, 建议直接ubuntu
http://www.ubuntu.com/

(2) 请将安装fftw和gromacs的步骤贴出来, 这样大家才好帮你看到底哪里出了问题.

一般而言, 安装完成以后, lib下面需要libff ...

安装过程是这样的 fftw
1）./configure --enable-float --enable-threads --enable-sse --enable-sse2 --prefix=/home/fftw
2)make
3)make install
setenv cppflags -i/home/fftw/include
setenv ldflags -l/home/fftw/lib
gromacs
1)./configure --enable-float --prefix=/home/gromacs

error cannot find fftw3f library
这就是我的安装过程，都是参照网上的建议做的。一前我使用的是gromacs3版本的，都没有出现过这个问题。因为科研的需要，要用到升级版本。但是这个问题一直解决不了。
文件libfftw3.a我有的
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3楼2012-03-02 09:55:49
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普通回帖

qphll

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+3): 2012-03-02 14:13:29
几点建议:

(1) cygwin不是长久之道, 建议直接ubuntu
http://www.ubuntu.com/

(2) 请将安装fftw和gromacs的步骤贴出来, 这样大家才好帮你看到底哪里出了问题.

一般而言, 安装完成以后, lib下面需要libfftw3.a 和 libfftw3f.a, 看你是不是单精度双精度都安装 .
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2楼2012-03-02 09:02:49
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
chaizhm(金币+2): 2012-03-02 14:13:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by friendy at 2012-03-02 09:55:49:
安装过程是这样的 fftw
1）./configure --enable-float --enable-threads --enable-sse --enable-sse2 --prefix=/home/fftw
2)make
3)make install
setenv cppflags -i/home/fftw/include
setenv ldflags - ...

你在setenv以后, echo 一下cppflags 和 ldflags看看是不是路径已经设置正确.

另外, cywin下的, 已经是csh(tcsh)吗? 有可能是bash吗?
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4楼2012-03-02 10:39:07
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qphll

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by friendy at 2012-03-02 09:55:49:
安装过程是这样的 fftw
1）./configure --enable-float --enable-threads --enable-sse --enable-sse2 --prefix=/home/fftw
2)make
3)make install
setenv cppflags -i/home/fftw/include
setenv ldflags - ...

另外, 在configure gromacs的时候, 如果是fftw3, 那么应该加上,  --with-fft=fftw3
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5楼2012-03-02 10:40:42
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friendy

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by qphll at 2012-03-02 10:40:42:
另外, 在configure gromacs的时候, 如果是fftw3, 那么应该加上,  --with-fft=fftw3

我用的是bash， linux下是不是也可以用echo命令？
我也用with-fft=fftw3安装了，也是出错，找不到fftw3
另外有个问题，我在安装fftw时，360和金山报毒，我把他们关掉安装了一次，结果系统崩溃了。有没有办法解决下？
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6楼2012-03-02 10:46:42
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qphll

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by friendy at 2012-03-02 10:46:42:
我用的是bash， linux下是不是也可以用echo命令？
我也用with-fft=fftw3安装了，也是出错，找不到fftw3
另外有个问题，我在安装fftw时，360和金山报毒，我把他们关掉安装了一次，结果系统崩溃了。有没有办法解 ...

嗯, 怪不得呢.

确定一下, 在命令行下面, 输入 echo $SHELL

如果是bash, 那么设置环境变量的命令是,

export CPPFLAGS="-I/home/fftw"
export LDFLAGS="-L/home/fftw"

如果是csh或者tcsh

那么,

setenv CPPFLAGS -I/home/fftw
setenv LDFLAGS -L/home/fftw

记得, 设置好环境变量以后, 再double check一下:

echo $CPPFLAGS
echo $LDFLAGS

看看是不是设置成功了.

至于360和金山, 我就只能冒汗了....... 你自己看着办吧.....
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7楼2012-03-02 10:51:08
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friendy

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by qphll at 2012-03-02 10:39:07:
你在setenv以后, echo 一下cppflags 和 ldflags看看是不是路径已经设置正确.

另外, cywin下的, 已经是csh(tcsh)吗? 有可能是bash吗?

我用命令
$echo cppflags
cppflags
没有内容，这是怎么回事？
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8楼2012-03-02 10:52:15
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qphll

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by friendy at 2012-03-02 10:52:15:
我用命令
$echo cppflags
cppflags
没有内容，这是怎么回事？

echo $CPPFLAGS 没啥东西?

那么 export

或者 env呢??
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9楼2012-03-02 10:54:12
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friendy

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by qphll at 2012-03-02 10:54:12:
echo $CPPFLAGS 没啥东西?

那么 export

或者 env呢??

$echo $cppflags
-i/home/fftw/include
$echo $ldflags
-l/home/fftw/lib
$./configure --enable-float --enable-threads --prefix=/home/gromacs
cannot find the default external fft library (fftw3)
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10楼2012-03-02 11:15:34
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