应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs NEMD模拟
131/2返回列表12下一页
查看: 2425  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

明月照清渠

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs NEMD模拟

看gromacs手册，发现gromacs可以跑NEMD，但是不知道NEMD的mdp哪里可以参考，希望用gromacs跑过NEMD的同学能帮下忙~~不胜感激~~最好有详细说明，谢谢~~

[ 来自科研家族 深海家族 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-12-06 21:59:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-06 22:42:57
我要打击一下你
1、读研貌似文献搜索的本事一定得有
2、你知道啥是“NEMD”不？
3、“最好有详细说明”不如我替你模拟了。
4、你知道你具体要模拟什么吗？你读过几篇与你研究相关的文献？你仔细阅读过几篇与你研 ...

哎~自诩懂得的人哪！以后说话不要这么刻薄，发帖子的大多都是找过没自己想要的才发的。问的高深了你也不懂吧？
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2012-12-07 10:09:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

aileen2010

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流，介绍的真详细 2012-12-07 10:41:35
明月照清渠: 金币+5, ★有帮助, 谢谢哦~~我想设置一下自动删除分子或者只在一定范围内加力的 2012-12-07 16:02:25
NEMD的设置参数有acc_grps accelerate freezegrps freezedim cos_acceleration deform
要是算黏度 就是设置cos_acceleration 给体系施加一个余弦分布的加速度 在说明书第7章7.3.24写的挺清楚 一看就会啦
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2012-12-07 10:39:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 很有道理~ 2012-12-07 07:57:08
1

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 10:16 ]
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-06 22:42:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明月照清渠

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-06 22:42:57
我要打击一下你
1、读研貌似文献搜索的本事一定得有
2、你知道啥是“NEMD”不？
3、“最好有详细说明”不如我替你模拟了。
4、你知道你具体要模拟什么吗？你读过几篇与你研究相关的文献？你仔细阅读过几篇与你研 ...

gromacs里面提到的是平衡动力学的例子~~没有非平衡动力学的~~虽然会自动提到好多帖子，但是没有跟NEMD相关的呀，我也是查了好几天才发帖的，不知道不要乱说好不好~~
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-07 08:49:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2012-12-07 08:49:08
gromacs里面提到的是平衡动力学的例子~~没有非平衡动力学的~~虽然会自动提到好多帖子，但是没有跟NEMD相关的呀，我也是查了好几天才发帖的，不知道不要乱说好不好~~...

哈哈，sorry

先推荐看看平衡态和非平衡态的介绍：
http://wenku.baidu.com/view/e330caf6ba0d4a7302763ae5.html
http://wenku.baidu.com/view/04ef16d533d4b14e8524686a.html

然后gromacs手册里面的一段介绍：


那么比如说我要模拟一个管道内的泊肃叶流动，这就是NEMD吧？除了设置MD模拟的其他参数，NEMD parameters 就是要给流体分子都施加压力吧？

再比如，我要模拟带电粒子在电场中的运动，NEMD parameters 就是给模拟体系设置外加电场吧？

你清楚你要模拟什么样的NEMD 了吗？再仔细阅读手册吧，很快你就知道怎么设置了。

个人理解，请多指教！

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 09:30 ]
赞一下 回复此楼
4楼2012-12-07 09:28:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明月照清渠

金虫 (小有名气)
我也是看了这一段才想问问如何做NEMD的，我一直在做的就是给体系加力，但是我想设置一下，将力加到特定位置处，力能够自动消失~~
赞一下 回复此楼
5楼2012-12-07 09:47:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明月照清渠

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-07 09:28:24
哈哈，sorry

先推荐看看平衡态和非平衡态的介绍：
http://wenku.baidu.com/view/e330caf6ba0d4a7302763ae5.html
http://wenku.baidu.com/view/04ef16d533d4b14e8524686a.html

然后gromacs手册里面的一 ...

我也是看了这一段才想问问如何做NEMD的，我一直在做的就是给体系加力，但是我想设置一下，将力加到特定位置处，力能够自动消失~~
赞一下 回复此楼
6楼2012-12-07 09:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张筱宇
7楼2012-12-07 10:08:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 北木 at 2012-12-07 10:09:57
哎~自诩懂得的人哪！以后说话不要这么刻薄，发帖子的大多都是找过没自己想要的才发的。问的高深了你也不懂吧？...

sorry

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 10:18 ]
回复此楼
9楼2012-12-07 10:16:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 明月照清渠 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 急需审稿人！！！ +3 陆小果画大饼 2026-04-21 3/150 2026-04-21 23:54 by jzy_123456
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 8/400 2026-04-21 16:26 by 啃面包的小书虫
[考研] 295分求调剂 +6 ?要上岸? 2026-04-17 6/300 2026-04-21 08:18 by Equinoxhua
[考研] 一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗 +11 否极泰来2026 2026-04-15 13/650 2026-04-20 22:31 by Equinoxhua
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[论文投稿] 期刊推荐 +3 材料研究生 2026-04-15 5/250 2026-04-20 16:02 by 豆豆7758
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +4 yexuqing 2026-04-19 4/200 2026-04-20 14:47 by brantleo
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 294求调剂 +15 淡然654321 2026-04-15 15/750 2026-04-19 08:20 by cuisz
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
[考研] 一志愿沪9，生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭