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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs NEMD模拟
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明月照清渠

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs NEMD模拟

看gromacs手册，发现gromacs可以跑NEMD，但是不知道NEMD的mdp哪里可以参考，希望用gromacs跑过NEMD的同学能帮下忙~~不胜感激~~最好有详细说明，谢谢~~

[ 来自科研家族 深海家族 ]
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1楼 2012-12-06 21:59:10
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-06 22:42:57
我要打击一下你
1、读研貌似文献搜索的本事一定得有
2、你知道啥是“NEMD”不？
3、“最好有详细说明”不如我替你模拟了。
4、你知道你具体要模拟什么吗？你读过几篇与你研究相关的文献？你仔细阅读过几篇与你研 ...

哎~自诩懂得的人哪！以后说话不要这么刻薄，发帖子的大多都是找过没自己想要的才发的。问的高深了你也不懂吧？
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8楼2012-12-07 10:09:57
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aileen2010

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流，介绍的真详细 2012-12-07 10:41:35
明月照清渠: 金币+5, ★有帮助, 谢谢哦~~我想设置一下自动删除分子或者只在一定范围内加力的 2012-12-07 16:02:25
NEMD的设置参数有acc_grps accelerate freezegrps freezedim cos_acceleration deform
要是算黏度 就是设置cos_acceleration 给体系施加一个余弦分布的加速度 在说明书第7章7.3.24写的挺清楚 一看就会啦
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10楼2012-12-07 10:39:50
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普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 很有道理~ 2012-12-07 07:57:08
1

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 10:16 ]
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2楼2012-12-06 22:42:57
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明月照清渠

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-06 22:42:57
我要打击一下你
1、读研貌似文献搜索的本事一定得有
2、你知道啥是“NEMD”不？
3、“最好有详细说明”不如我替你模拟了。
4、你知道你具体要模拟什么吗？你读过几篇与你研究相关的文献？你仔细阅读过几篇与你研 ...

gromacs里面提到的是平衡动力学的例子~~没有非平衡动力学的~~虽然会自动提到好多帖子，但是没有跟NEMD相关的呀，我也是查了好几天才发帖的，不知道不要乱说好不好~~
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3楼2012-12-07 08:49:08
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2012-12-07 08:49:08
gromacs里面提到的是平衡动力学的例子~~没有非平衡动力学的~~虽然会自动提到好多帖子，但是没有跟NEMD相关的呀，我也是查了好几天才发帖的，不知道不要乱说好不好~~...

哈哈，sorry

先推荐看看平衡态和非平衡态的介绍：
http://wenku.baidu.com/view/e330caf6ba0d4a7302763ae5.html
http://wenku.baidu.com/view/04ef16d533d4b14e8524686a.html

然后gromacs手册里面的一段介绍：


那么比如说我要模拟一个管道内的泊肃叶流动，这就是NEMD吧？除了设置MD模拟的其他参数，NEMD parameters 就是要给流体分子都施加压力吧？

再比如，我要模拟带电粒子在电场中的运动，NEMD parameters 就是给模拟体系设置外加电场吧？

你清楚你要模拟什么样的NEMD 了吗？再仔细阅读手册吧，很快你就知道怎么设置了。

个人理解，请多指教！

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 09:30 ]
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4楼2012-12-07 09:28:24
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明月照清渠

金虫 (小有名气)
我也是看了这一段才想问问如何做NEMD的，我一直在做的就是给体系加力，但是我想设置一下，将力加到特定位置处，力能够自动消失~~
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5楼2012-12-07 09:47:21
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明月照清渠

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-07 09:28:24
哈哈，sorry

先推荐看看平衡态和非平衡态的介绍：
http://wenku.baidu.com/view/e330caf6ba0d4a7302763ae5.html
http://wenku.baidu.com/view/04ef16d533d4b14e8524686a.html

然后gromacs手册里面的一 ...

我也是看了这一段才想问问如何做NEMD的，我一直在做的就是给体系加力，但是我想设置一下，将力加到特定位置处，力能够自动消失~~
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6楼2012-12-07 09:51:24
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张筱宇
7楼2012-12-07 10:08:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 北木 at 2012-12-07 10:09:57
哎~自诩懂得的人哪！以后说话不要这么刻薄，发帖子的大多都是找过没自己想要的才发的。问的高深了你也不懂吧？...

sorry

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 10:18 ]
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9楼2012-12-07 10:16:10
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