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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs进行分子模拟时，pdb2gmx不认识小分子残基，怎么办，以及如何导入糖的力场
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zhzj2011

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs进行分子模拟时，pdb2gmx不认识小分子残基，怎么办，以及如何导入糖的力场 已有4人参与

最近在学习gromacs，在用pdb2gmx生成topology文件时，pdb2gmx不识别蛋白中的残基，该怎么办来获得完整的topology文件，还有怎么在gromacs中导入其他力场，如Martini力场？
我完全是一个新手，之前是学纯生物的，物理、化学知识就只有高中学的，过来人有没有什么建议?不胜感激！
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1楼 2014-08-20 11:51:18
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zhzj2011

新虫 (初入文坛)
大神们快来给答案呀
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2楼2014-08-21 15:27:22
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhzj2011 at 2014-08-21 15:27:22
大神们快来给答案呀

没有gromacs自带力场来做不合适吧，你那个Martini力场有完整的与gromacs配用的参数么。类似于opls力场之类的。
实在是没办法的话，用prodrg吧，不过方法非常粗略。
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gromacs
3楼2014-08-22 10:20:17
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zhzj2011

新虫 (初入文坛)
哦，我现在准备用gromacs自带的力场gromos96力场来做，现在又遇到了问题，那个画图软件xmgrace不知在哪里下载，如果你知道的话，帮一下忙,谢谢啦
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4楼2014-08-23 09:36:01
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wgz_tju

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhzj2011 at 2014-08-23 09:36:01
哦，我现在准备用gromacs自带的力场gromos96力场来做，现在又遇到了问题，那个画图软件xmgrace不知在哪里下载，如果你知道的话，帮一下忙,谢谢啦

直接在终端输入：sodu apt-get install grace，就会自动安装了
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5楼2014-09-27 09:34:47
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wgz_tju

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wgz_tju at 2014-09-27 09:34:47
直接在终端输入：sodu apt-get install grace，就会自动安装了...

打错了，是sudo
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6楼2014-09-27 09:38:10
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不建议使用grace，操作起来比较麻烦，你可以利用gromacs自带的命令将其转成.xvg的格式，在将数据导入Origin中画图。而且sodu命令并不是适用于所有的linux系统。好像在乌班图系统下可以使用！
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只做不说，明知没地位，坚信有机会
7楼2014-09-27 15:04:46
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fish637

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

修改力场文件中的.rtp文件，把你要添加的残基添加到外面的残基文件里
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8楼2014-09-29 10:59:03
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SunnyRain0.0

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

去Martini官网有详细的教程教怎么把martini力场导入gromacs，你也可以按照gromacs力场包自己编写一个martini的力场包放到你的工作目录下就可以用了
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Ihaveonedream~
9楼2014-11-10 21:43:03
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