24小时热门版块排行榜    

查看: 3709  |  回复: 8

zhzj2011

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs进行分子模拟时,pdb2gmx不认识小分子残基,怎么办,以及如何导入糖的力场 已有4人参与

最近在学习gromacs,在用pdb2gmx生成topology文件时,pdb2gmx不识别蛋白中的残基,该怎么办来获得完整的topology文件,还有怎么在gromacs中导入其他力场,如Martini力场?
我完全是一个新手,之前是学纯生物的,物理、化学知识就只有高中学的,过来人有没有什么建议?不胜感激!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhzj2011

新虫 (初入文坛)

大神们快来给答案呀
2楼2014-08-21 15:27:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhzj2011 at 2014-08-21 15:27:22
大神们快来给答案呀

没有gromacs自带力场来做不合适吧,你那个Martini力场有完整的与gromacs配用的参数么。类似于opls力场之类的。
实在是没办法的话,用prodrg吧,不过方法非常粗略。
gromacs
3楼2014-08-22 10:20:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhzj2011

新虫 (初入文坛)

哦,我现在准备用gromacs自带的力场gromos96力场来做,现在又遇到了问题,那个画图软件xmgrace不知在哪里下载,如果你知道的话,帮一下忙,谢谢啦
4楼2014-08-23 09:36:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wgz_tju

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhzj2011 at 2014-08-23 09:36:01
哦,我现在准备用gromacs自带的力场gromos96力场来做,现在又遇到了问题,那个画图软件xmgrace不知在哪里下载,如果你知道的话,帮一下忙,谢谢啦

直接在终端输入:sodu apt-get install grace,就会自动安装了
5楼2014-09-27 09:34:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wgz_tju

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wgz_tju at 2014-09-27 09:34:47
直接在终端输入:sodu apt-get install grace,就会自动安装了...

打错了,是sudo
6楼2014-09-27 09:38:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不建议使用grace,操作起来比较麻烦,你可以利用gromacs自带的命令将其转成.xvg的格式,在将数据导入Origin中画图。而且sodu命令并不是适用于所有的linux系统。好像在乌班图系统下可以使用!
只做不说,明知没地位,坚信有机会
7楼2014-09-27 15:04:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fish637

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

修改力场文件中的.rtp文件,把你要添加的残基添加到外面的残基文件里
8楼2014-09-29 10:59:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

SunnyRain0.0

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

去Martini官网有详细的教程教怎么把martini力场导入gromacs,你也可以按照gromacs力场包自己编写一个martini的力场包放到你的工作目录下就可以用了
Ihaveonedream~
9楼2014-11-10 21:43:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhzj2011 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 9/450 2026-08-21 15:38 by dcqxinyang
[基金申请] 让我中一个面上吧! +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +15 医学老男孩 2026-08-20 18/900 2026-08-21 13:46 by 医学老男孩
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +23 yaoyewhu2008 2026-08-20 25/1250 2026-08-21 12:19 by Poppy1104
[基金申请] 什么时候开奖? +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 科研孤儿太难了 +15 我4大白菜 2026-08-20 16/800 2026-08-21 11:07 by yming1319
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
请填处理意见