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zhzj2011

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs进行分子模拟时,pdb2gmx不认识小分子残基,怎么办,以及如何导入糖的力场 已有4人参与

最近在学习gromacs,在用pdb2gmx生成topology文件时,pdb2gmx不识别蛋白中的残基,该怎么办来获得完整的topology文件,还有怎么在gromacs中导入其他力场,如Martini力场?
我完全是一个新手,之前是学纯生物的,物理、化学知识就只有高中学的,过来人有没有什么建议?不胜感激!
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zhzj2011

新虫 (初入文坛)

大神们快来给答案呀
2楼2014-08-21 15:27:22
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhzj2011 at 2014-08-21 15:27:22
大神们快来给答案呀

没有gromacs自带力场来做不合适吧,你那个Martini力场有完整的与gromacs配用的参数么。类似于opls力场之类的。
实在是没办法的话,用prodrg吧,不过方法非常粗略。
gromacs
3楼2014-08-22 10:20:17
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zhzj2011

新虫 (初入文坛)

哦,我现在准备用gromacs自带的力场gromos96力场来做,现在又遇到了问题,那个画图软件xmgrace不知在哪里下载,如果你知道的话,帮一下忙,谢谢啦
4楼2014-08-23 09:36:01
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wgz_tju

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhzj2011 at 2014-08-23 09:36:01
哦,我现在准备用gromacs自带的力场gromos96力场来做,现在又遇到了问题,那个画图软件xmgrace不知在哪里下载,如果你知道的话,帮一下忙,谢谢啦

直接在终端输入:sodu apt-get install grace,就会自动安装了
5楼2014-09-27 09:34:47
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wgz_tju

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wgz_tju at 2014-09-27 09:34:47
直接在终端输入:sodu apt-get install grace,就会自动安装了...

打错了,是sudo
6楼2014-09-27 09:38:10
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声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不建议使用grace,操作起来比较麻烦,你可以利用gromacs自带的命令将其转成.xvg的格式,在将数据导入Origin中画图。而且sodu命令并不是适用于所有的linux系统。好像在乌班图系统下可以使用!
只做不说,明知没地位,坚信有机会
7楼2014-09-27 15:04:46
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fish637

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

修改力场文件中的.rtp文件,把你要添加的残基添加到外面的残基文件里
8楼2014-09-29 10:59:03
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SunnyRain0.0

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

去Martini官网有详细的教程教怎么把martini力场导入gromacs,你也可以按照gromacs力场包自己编写一个martini的力场包放到你的工作目录下就可以用了
Ihaveonedream~
9楼2014-11-10 21:43:03
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