24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3276  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zhzj2011

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs进行分子模拟时,pdb2gmx不认识小分子残基,怎么办,以及如何导入糖的力场 已有4人参与

最近在学习gromacs,在用pdb2gmx生成topology文件时,pdb2gmx不识别蛋白中的残基,该怎么办来获得完整的topology文件,还有怎么在gromacs中导入其他力场,如Martini力场?
我完全是一个新手,之前是学纯生物的,物理、化学知识就只有高中学的,过来人有没有什么建议?不胜感激!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

声梦奇缘001

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

不建议使用grace,操作起来比较麻烦,你可以利用gromacs自带的命令将其转成.xvg的格式,在将数据导入Origin中画图。而且sodu命令并不是适用于所有的linux系统。好像在乌班图系统下可以使用!
只做不说,明知没地位,坚信有机会
7楼2014-09-27 15:04:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

zhzj2011

新虫 (初入文坛)

大神们快来给答案呀
2楼2014-08-21 15:27:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhzj2011 at 2014-08-21 15:27:22
大神们快来给答案呀

没有gromacs自带力场来做不合适吧,你那个Martini力场有完整的与gromacs配用的参数么。类似于opls力场之类的。
实在是没办法的话,用prodrg吧,不过方法非常粗略。
gromacs
3楼2014-08-22 10:20:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhzj2011

新虫 (初入文坛)

哦,我现在准备用gromacs自带的力场gromos96力场来做,现在又遇到了问题,那个画图软件xmgrace不知在哪里下载,如果你知道的话,帮一下忙,谢谢啦
4楼2014-08-23 09:36:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 087100初试311求调剂 +3 任雅琴 2026-04-09 3/150 2026-04-09 22:42 by lbsjt
[考研] 269电子信息求调剂,可转专业 +9 独酌wl 2026-04-06 9/450 2026-04-09 20:55 by laoshidan
[考研] 0703化学调剂325分 +13 15771691647 2026-04-04 15/750 2026-04-09 16:55 by 15771691647
[考研] 085801 总分275 本科新能源 求调剂 +8 bradoner 2026-04-08 9/450 2026-04-09 13:43 by only周
[考研] 一志愿上海大学生物学346 +4 上海大学346调剂 2026-04-03 4/200 2026-04-09 10:52 by yiminglu
[考研] 环境专硕调剂 +15 会说话的肘子 2026-04-06 15/750 2026-04-08 18:56 by 环化材-小生
[考研] 求调剂 +9 月@163.com 2026-04-07 11/550 2026-04-08 14:48 by qlm5820
[考研] 283分求调剂 +14 试试看呗 2026-04-04 14/700 2026-04-08 07:03 by lijunpoly
[考研] 277、学硕,求调剂 数一104, +11 瓶子PZ 2026-04-07 12/600 2026-04-07 23:30 by 一只好果子?
[考研] 11408 325分 +3 jgtxuxgkx 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:10 by lbsjt
[考研] 298求调剂 +4 残荷新柳 2026-04-07 4/200 2026-04-07 23:02 by lbsjt
[考研] 277工科求调剂 +10 1915668 2026-04-04 11/550 2026-04-06 23:53 by 心媛意北
[考研] 285求调剂 +5 mapmath 2026-04-06 6/300 2026-04-06 17:18 by 蓝云思雨
[考研] (调剂)一志愿报考哈尔滨工业大学0857资源与环境专业378分考生 +7 狠狠加油 2026-04-05 8/400 2026-04-06 16:52 by momo皓
[考研] 0857大类环境工程B区求调剂 +3 龚禹铭 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:22 by 蓝云思雨
[考研] 302分 085601求调剂推荐 +11 zyx上岸! 2026-04-05 11/550 2026-04-05 22:13 by dongzh2009
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 5/250 2026-04-05 15:52 by jndximd
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +6 ioodiiij 2026-04-04 6/300 2026-04-05 10:09 by guoweigw
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
[考研] 372分材料与化工(085600)一志愿湖南大学求调剂 +3 蓝笺片 2026-04-03 4/200 2026-04-03 17:58 by Jimmyandyou
信息提示
请填处理意见