| 查看: 2184 | 回复: 9 | |||
[求助]
蛋白同源模建之后能量最小化问题
|
|
大家好，我是菜鸟，有关问题希望大家不吝赐教。 我的蛋白是一个膜转运蛋白，经过swiss model 同源模建之后，得到一个三维结构。我想继续用这个结构进行分子对接的实验。现在摸索到三维结构能量最小化的阶段，有几个问题希望大家解答，谢谢。 1. 我使用namd软件进行的能量最小化和动力学分析，我参考的教程中，需要把蛋白溶质化，也就是把蛋白放到水环境中，然后进行能量优化和动力学模拟。我的蛋白是脂容的，放到水环境可以吗？还是namd软件可以模拟一个脂环境？ 2. 蛋白可以不放在上述环境里直接能量最小化吗？我运行了一下是可以的，不知道是否准确？ 3. 进行了能量最小化和分子模拟之后，怎么分析结果？ 4. 得到的最优构象怎么导出进行下一步的分子对接？因为我得到的结果是一个含有几十帧的cdc文件，里面有几十个构象，怎么把最优构象导出？ 谢谢指教 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 NAMD |
» 猜你喜欢
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有7人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有8人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有5人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有5人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有7人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有6人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有7人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
求助namd模拟的基础上同源建模的问题！
已经有3人回复- 同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教
已经有11人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
- 【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？
已经有11人回复
2楼2012-12-30 11:20:47
3楼2012-12-30 15:04:23
4楼2012-12-30 20:46:45
5楼2012-12-31 08:48:40
jilinjohn
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 15596.9
- 散金: 1166
- 红花: 2
- 帖子: 1799
- 在线: 895.7小时
- 虫号: 491898
- 注册: 2008-01-07
- 性别: GG
- 专业: 生物物理、生物化学与分子
6楼2013-01-01 15:14:05
7楼2013-01-16 17:05:52
8楼2013-01-19 23:46:48
9楼2018-04-06 11:32:12
lilywee
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 13.5
- 帖子: 2
- 在线: 21分钟
- 虫号: 8464776
- 注册: 2018-04-06
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
10楼2018-04-06 16:46:36