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xxjjtt

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白同源模建之后能量最小化问题

大家好，我是菜鸟，有关问题希望大家不吝赐教。
我的蛋白是一个膜转运蛋白，经过swiss model 同源模建之后，得到一个三维结构。我想继续用这个结构进行分子对接的实验。现在摸索到三维结构能量最小化的阶段，有几个问题希望大家解答，谢谢。
1. 我使用namd软件进行的能量最小化和动力学分析，我参考的教程中，需要把蛋白溶质化，也就是把蛋白放到水环境中，然后进行能量优化和动力学模拟。我的蛋白是脂容的，放到水环境可以吗？还是namd软件可以模拟一个脂环境？
2. 蛋白可以不放在上述环境里直接能量最小化吗？我运行了一下是可以的，不知道是否准确？
3. 进行了能量最小化和分子模拟之后，怎么分析结果？
4. 得到的最优构象怎么导出进行下一步的分子对接？因为我得到的结果是一个含有几十帧的cdc文件，里面有几十个构象，怎么把最优构象导出？
谢谢指教
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实践是检验真理的唯一标准
1楼 2012-12-30 11:02:43
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-30 19:56:25
1、如果是动物体内的蛋白，要么是体液环境（水溶），要么是膜蛋白，不存在全部酯环境。
2、动力学后可以把稳定区的构象做平均，得到稳定段的平均三维构象。
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2楼2012-12-30 11:20:47
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xxjjtt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-12-30 11:20:47
1、如果是动物体内的蛋白，要么是体液环境（水溶），要么是膜蛋白，不存在全部酯环境。
2、动力学后可以把稳定区的构象做平均，得到稳定段的平均三维构象。

非常感谢~
我的蛋白是膜蛋白，在做能量最小化的时候需要溶质化吗？
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实践是检验真理的唯一标准
3楼2012-12-30 15:04:23
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xxjjtt

新虫 (初入文坛)
还是比较关心两个问题：
1. 溶质化是否必须要？膜蛋白有没有其他溶质化手段？
2. 如何提取能量最小化之后的构象？
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实践是检验真理的唯一标准
4楼2012-12-30 20:46:45
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 哈哈~谢谢哈！ 2012-12-31 09:05:21
膜蛋白 那就 放到磷脂双分子层中，然后周围加水环境，跑动力学。这样就达到效果了！
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5楼2012-12-31 08:48:40
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jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-02 08:38:30
是必须放在细胞膜里面优化的，是溶剂化吧。能量最小化最后一个结构抽提出来就行

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
6楼2013-01-01 15:14:05
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xxjjtt

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jilinjohn at 2013-01-01 15:14:05
是必须放在细胞膜里面优化的，是溶剂化吧。能量最小化最后一个结构抽提出来就行

谢谢
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实践是检验真理的唯一标准
7楼2013-01-16 17:05:52
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wangdong9991

铁虫 (初入文坛)
楼主的问题正在小弟目前遇到的问题，不知道楼主有没有解决，如果已经搞定，可否予小弟分享？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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8楼2013-01-19 23:46:48
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zhangxiao_

新虫 (初入文坛)
楼主，你的问题解决了吗？我也遇到类似问题：能量最小化是否需要放在水溶液中，而且我在利用psfgen数据包给蛋白质做溶质化时出现错误，最后得到的pdb结构和最开始相比缺少了一部分结构，现在很迷惑啊。可以交流吗？继续寻求帮助啊。
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9楼2018-04-06 11:32:12
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lilywee

新虫 (初入文坛)
请问有人会用amber12么？求助如何使用

发自小木虫IOS客户端
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10楼2018-04-06 16:46:36
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