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蛋白同源模建之后能量最小化问题
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大家好，我是菜鸟，有关问题希望大家不吝赐教。 我的蛋白是一个膜转运蛋白，经过swiss model 同源模建之后，得到一个三维结构。我想继续用这个结构进行分子对接的实验。现在摸索到三维结构能量最小化的阶段，有几个问题希望大家解答，谢谢。 1. 我使用namd软件进行的能量最小化和动力学分析，我参考的教程中，需要把蛋白溶质化，也就是把蛋白放到水环境中，然后进行能量优化和动力学模拟。我的蛋白是脂容的，放到水环境可以吗？还是namd软件可以模拟一个脂环境？ 2. 蛋白可以不放在上述环境里直接能量最小化吗？我运行了一下是可以的，不知道是否准确？ 3. 进行了能量最小化和分子模拟之后，怎么分析结果？ 4. 得到的最优构象怎么导出进行下一步的分子对接？因为我得到的结果是一个含有几十帧的cdc文件，里面有几十个构象，怎么把最优构象导出？ 谢谢指教 |
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 NAMD |
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