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ottolzm

木虫 (正式写手)

[求助] 求助namd模拟的基础上同源建模的问题!

我的问题是:已知T的三级结构,但是在T的N端添加了4-10个氨基酸的蛋白质的三级结构未知,因此用namd模拟获得了10个氨基酸+T的三级结构的模拟,之后想利用这个模拟获得的三级结构作为模板,进行4-9个氨基酸+T的三级结构的模拟,但是在使用swissmodel进行automate modelling 的时候(我选择模拟所得的10个氨基酸+T的模拟三级结构作为模板),运行总是出错;请教一下诸位同行;这个问题该如何解决或者有没有其他的同源建模的软件可以使用?
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ottolzm: 金币+2 2012-12-09 22:16:30
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-09 23:16:50
这个思路是不是应该是先用modeller获取包括这4-10个氨基酸+T的全长模型,在利用NAMD进行优化更加合理一些?
2楼2012-12-09 15:10:18
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ottolzm

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-09 15:10:18
这个思路是不是应该是先用modeller获取包括这4-10个氨基酸+T的全长模型,在利用NAMD进行优化更加合理一些?

嗯 我查了一些资料 问了一些这方面的专业人员 他们的建议和你的建议一样  不知道你有没有什么详细点的资料和方法 另外如果用NAMD优化的话 对机器的要求高吗?
3楼2012-12-09 19:02:53
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 09:47:14
引用回帖:
3楼: Originally posted by ottolzm at 2012-12-09 19:02:53
嗯 我查了一些资料 问了一些这方面的专业人员 他们的建议和你的建议一样  不知道你有没有什么详细点的资料和方法 另外如果用NAMD优化的话 对机器的要求高吗?...

要是单纯获得全长的结构倒是不难,可以上网搜搜easymodeller的用法,我在论坛里貌似有个置顶帖是讲同源模建的,可以参考,如果只是用NAMD对结构进行能量最小化是非常快的,如果要做长时间的模拟需要的时间就比较长了~
4楼2012-12-10 08:54:58
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