24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 817  |  回复: 3

ottolzm

木虫 (正式写手)

[求助] 求助namd模拟的基础上同源建模的问题!

我的问题是:已知T的三级结构,但是在T的N端添加了4-10个氨基酸的蛋白质的三级结构未知,因此用namd模拟获得了10个氨基酸+T的三级结构的模拟,之后想利用这个模拟获得的三级结构作为模板,进行4-9个氨基酸+T的三级结构的模拟,但是在使用swissmodel进行automate modelling 的时候(我选择模拟所得的10个氨基酸+T的模拟三级结构作为模板),运行总是出错;请教一下诸位同行;这个问题该如何解决或者有没有其他的同源建模的软件可以使用?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ottolzm: 金币+2 2012-12-09 22:16:30
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-09 23:16:50
这个思路是不是应该是先用modeller获取包括这4-10个氨基酸+T的全长模型,在利用NAMD进行优化更加合理一些?
2楼2012-12-09 15:10:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ottolzm

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-09 15:10:18
这个思路是不是应该是先用modeller获取包括这4-10个氨基酸+T的全长模型,在利用NAMD进行优化更加合理一些?

嗯 我查了一些资料 问了一些这方面的专业人员 他们的建议和你的建议一样  不知道你有没有什么详细点的资料和方法 另外如果用NAMD优化的话 对机器的要求高吗?
3楼2012-12-09 19:02:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 09:47:14
引用回帖:
3楼: Originally posted by ottolzm at 2012-12-09 19:02:53
嗯 我查了一些资料 问了一些这方面的专业人员 他们的建议和你的建议一样  不知道你有没有什么详细点的资料和方法 另外如果用NAMD优化的话 对机器的要求高吗?...

要是单纯获得全长的结构倒是不难,可以上网搜搜easymodeller的用法,我在论坛里貌似有个置顶帖是讲同源模建的,可以参考,如果只是用NAMD对结构进行能量最小化是非常快的,如果要做长时间的模拟需要的时间就比较长了~
4楼2012-12-10 08:54:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ottolzm 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297工科调剂? +3 河南农业大学-能 2026-04-13 3/150 2026-04-13 21:36 by 木子君1218
[考研] 279求调剂 +10 张番茄不炒蛋 2026-04-11 10/500 2026-04-13 21:23 by gretl
[考研] B区0809 ,数一英一,290 求调剂 +3 泠潍1111 2026-04-12 4/200 2026-04-13 20:35 by 学员JpLReM
[考研] 085600材料与化工,求调剂 +13 won_qii 2026-04-07 13/650 2026-04-13 14:22 by 张zhihao
[考研] 0856专硕求调剂 希望是a区院校 +23 好好休息好不好 2026-04-09 26/1300 2026-04-13 14:22 by 张zhihao
[考研] 272分材料子求调剂 +41 Loy0361 2026-04-10 53/2650 2026-04-13 14:20 by 张zhihao
[考研] 材料299专硕求调剂 +13 +21 2026-04-09 13/650 2026-04-13 14:16 by 张zhihao
[考研] 材料工程085601,270求调剂 +38 @ASDF1234 2026-04-08 41/2050 2026-04-13 12:53 by 张zhihao
[考研] 一志愿085802 323分求调剂 +13 drizzle_9 2026-04-12 14/700 2026-04-13 10:26 by Faiz5552
[考研] 调剂 +10 月@163.com 2026-04-11 10/500 2026-04-12 09:14 by zhouyuwinner
[考研] 280求调剂 +13 wzzz王 2026-04-09 13/650 2026-04-12 00:31 by 勇攀高峰0126
[考研] 求调剂 +18 MAX怅惘 2026-04-09 20/1000 2026-04-11 23:31 by zhen~
[考研] 070300化学279求调剂 +19 哈哈哈^_^ 2026-04-08 20/1000 2026-04-11 20:43 by stoner78
[考研] 调剂 +6 青灯不负 2026-04-09 6/300 2026-04-11 20:35 by dongdian1
[考研] 一志愿985机械学硕380求调剂 +5 关关雎鸠10 2026-04-11 5/250 2026-04-11 10:10 by 知念。A
[考研] 287求调剂 +15 Fnhc 2026-04-07 21/1050 2026-04-10 19:09 by chemisry
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +27 努力奋斗112 2026-04-07 30/1500 2026-04-10 15:06 by Kilig0317
[考研] 已调剂 +18 柴郡猫_ 2026-04-09 19/950 2026-04-09 22:10 by 柴郡猫_
[考研] 348求调剂 +3 candyyyi 2026-04-09 3/150 2026-04-09 17:20 by 段伟艳
[考研] 复试调剂,一志愿郑州大学材料与化工289分 +31 硕星赴 2026-04-08 31/1550 2026-04-09 16:54 by Delta2012
信息提示
请填处理意见