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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助namd模拟的基础上同源建模的问题！
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ottolzm

木虫 (正式写手)

[求助] 求助namd模拟的基础上同源建模的问题！

我的问题是：已知T的三级结构，但是在T的N端添加了4-10个氨基酸的蛋白质的三级结构未知，因此用namd模拟获得了10个氨基酸+T的三级结构的模拟，之后想利用这个模拟获得的三级结构作为模板，进行4-9个氨基酸+T的三级结构的模拟，但是在使用swissmodel进行automate modelling 的时候(我选择模拟所得的10个氨基酸+T的模拟三级结构作为模板)，运行总是出错；请教一下诸位同行；这个问题该如何解决或者有没有其他的同源建模的软件可以使用？
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1楼 2012-12-08 15:17:33
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ottolzm

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-09 15:10:18
这个思路是不是应该是先用modeller获取包括这4-10个氨基酸+T的全长模型，在利用NAMD进行优化更加合理一些？

嗯 我查了一些资料 问了一些这方面的专业人员 他们的建议和你的建议一样  不知道你有没有什么详细点的资料和方法 另外如果用NAMD优化的话 对机器的要求高吗？
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3楼2012-12-09 19:02:53
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ottolzm: 金币+2 2012-12-09 22:16:30
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-09 23:16:50
这个思路是不是应该是先用modeller获取包括这4-10个氨基酸+T的全长模型，在利用NAMD进行优化更加合理一些？
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2楼2012-12-09 15:10:18
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-10 09:47:14
引用回帖:
3楼: Originally posted by ottolzm at 2012-12-09 19:02:53
嗯 我查了一些资料 问了一些这方面的专业人员 他们的建议和你的建议一样  不知道你有没有什么详细点的资料和方法 另外如果用NAMD优化的话 对机器的要求高吗？...

要是单纯获得全长的结构倒是不难，可以上网搜搜easymodeller的用法，我在论坛里貌似有个置顶帖是讲同源模建的，可以参考，如果只是用NAMD对结构进行能量最小化是非常快的，如果要做长时间的模拟需要的时间就比较长了~
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4楼2012-12-10 08:54:58
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