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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教

对1LCI这个蛋白质建模。
1LCI是蛋白质的完整结构（残基3~550），3IES是其N端与小分子结合之后的结构（残基3~437）
现在我希望N端和3IES完全一样，C端（残基437之后）则根据1LCI来构建
请问用什么软件，怎么做呢？
谢谢大家
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  • 附件 1 : 1LCI.fasta.txt
    • 2012-03-05 11:29:47, 586 bytes
  • 附件 2 : 1LCI_nowater.pdb
    • 2012-03-05 11:29:49, 671.69 K
  • 附件 3 : 3IES_nowater.pdb
    • 2012-03-05 11:29:50, 547.7 K

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1楼 2012-03-05 11:30:12
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-05-19 19:58:48:
你建模问题解决了吗？我也遇到了和你同样的问题，能教教我吗？

我也没有解决啊
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10楼2012-05-19 22:26:29
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godcook

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-03-05 14:36:01
把437以后的片段序列切出来，用easymodeller模建，采用1LCI作为模板。建出来的结构接到3IES。
个人想法，仅供参考。
赞一下 回复此楼
2楼2012-03-05 11:35:49
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2012-03-06 09:04:24
你手头有什么软件，很多软件都 可以这样模建的，首先先将两个模板相似的地方进行alignment，然后就可以选取不同区域建模了啊~~~~~~~~
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3楼2012-03-06 00:32:22
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2012-03-06 00:32:22:
你手头有什么软件，很多软件都 可以这样模建的，首先先将两个模板相似的地方进行alignment，然后就可以选取不同区域建模了啊~~~~~~~~

建模的软件我手头有discovery studio ， modeller，具体怎么操作呢？ 哪个软件比较方便？谢谢
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4楼2012-03-06 08:49:49
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