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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢

求助，我想用DS同源建模，已有多个PDB模板可以用，请教怎么操作呢？
网上的教程基本上都是需要n95，或者90数据库，从网上download结构。
我有自己的模版，因此改变了一些步骤来做，但是一直不成功，求指导。谢谢
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1楼 2012-03-17 18:19:50
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-17 19:49:58
cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-03-18 00:16:03
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块，分别放入你的序列文件和pdb文件，修改相应参数
计算完成后打开运行结果然后运行build homology modle放入相应的文件进行运算就ok了。
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2楼2012-03-17 19:43:10
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870609 at 2012-03-17 19:43:10:
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块，分别放入你的序列文件和pdb文件，修改相应参数
计算 ...

再多请教一个问题，我想把小分子配体放入同源建模的蛋白质中，sybyl可以用merge做，但是我merge的时候，总是提示no atoms merged。不知道是不是我操作不对，请问怎么做呢？谢谢
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3楼2012-03-18 00:17:52
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870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-18 08:39:31
你说的应该是要做对接吧？sybyl的我没用过，不太知道。ds也可以做，可以通过libdock，ligandfit，cdocker还有flexible docking达到你的目的。你把几种对接算法都试一下找一个最合适的用就行，对接不一定都会出结果的，没有结果的时候就对相关参数进行微调，说白了模拟和对接这东西都很虚的，能解释实际实验现象就行了。
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4楼2012-03-18 08:10:05
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870609 at 2012-03-18 08:10:05:
你说的应该是要做对接吧？sybyl的我没用过，不太知道。ds也可以做，可以通过libdock，ligandfit，cdocker还有flexible docking达到你的目的。你把几种对接算法都试一下找一个最合适的用就行，对接不一定都会出结果 ...

不是对接，我想把小分子根据其他试验结果得到的空间结构放入到受体蛋白中，然后来跑动力学。因为同源建模后有些残基不太合理，对接结果不太好
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5楼2012-03-18 09:09:40
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huang0106

木虫 (职业作家)
听所同源建模的结果是需要跑一下动力学的……
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6楼2012-03-18 16:39:20
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郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cfmzxf84: 金币+8, ★有帮助, 嗯，但是对接结果一直不好，所以想是不是因为残基不合理扭转了，但是不知道怎么检查 2012-03-20 09:09:49
在sybyl中做配体对接用ligand docking
选中结合点处的那几个氨基酸 generate产生位点后
点你的配体对接到那个结合点就可以了
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7楼2012-03-20 08:31:56
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by huang0106 at 2012-03-18 16:39:20:
听所同源建模的结果是需要跑一下动力学的……

找不到其他办法，我现在也只能是跑动力学了。
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8楼2012-03-20 09:09:13
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
9楼2012-05-18 21:37:04
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
10楼2012-05-18 21:37:17
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