24小时热门版块排行榜    

查看: 3885  |  回复: 11

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 求助,已有PDB结构的DS同源建模步骤,谢谢

求助,我想用DS同源建模,已有多个PDB模板可以用,请教怎么操作呢?
网上的教程基本上都是需要n95,或者90数据库,从网上download结构。
我有自己的模版,因此改变了一些步骤来做,但是一直不成功,求指导。谢谢
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-17 19:49:58
cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-03-18 00:16:03
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块,分别放入你的序列文件和pdb文件,修改相应参数
计算完成后打开运行结果然后运行build homology modle放入相应的文件进行运算就ok了。
2楼2012-03-17 19:43:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 870609 at 2012-03-17 19:43:10:
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块,分别放入你的序列文件和pdb文件,修改相应参数
计算 ...

再多请教一个问题,我想把小分子配体放入同源建模的蛋白质中,sybyl可以用merge做,但是我merge的时候,总是提示no atoms merged。不知道是不是我操作不对,请问怎么做呢?谢谢
3楼2012-03-18 00:17:52
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-18 08:39:31
你说的应该是要做对接吧?sybyl的我没用过,不太知道。ds也可以做,可以通过libdock,ligandfit,cdocker还有flexible docking达到你的目的。你把几种对接算法都试一下找一个最合适的用就行,对接不一定都会出结果的,没有结果的时候就对相关参数进行微调,说白了模拟和对接这东西都很虚的,能解释实际实验现象就行了。
4楼2012-03-18 08:10:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 870609 at 2012-03-18 08:10:05:
你说的应该是要做对接吧?sybyl的我没用过,不太知道。ds也可以做,可以通过libdock,ligandfit,cdocker还有flexible docking达到你的目的。你把几种对接算法都试一下找一个最合适的用就行,对接不一定都会出结果 ...

不是对接,我想把小分子根据其他试验结果得到的空间结构放入到受体蛋白中,然后来跑动力学。因为同源建模后有些残基不太合理,对接结果不太好
5楼2012-03-18 09:09:40
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huang0106

木虫 (职业作家)

听所同源建模的结果是需要跑一下动力学的……
6楼2012-03-18 16:39:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cfmzxf84: 金币+8, 有帮助, 嗯,但是对接结果一直不好,所以想是不是因为残基不合理扭转了,但是不知道怎么检查 2012-03-20 09:09:49
在sybyl中做配体对接用ligand docking
选中结合点处的那几个氨基酸 generate产生位点后
点你的配体对接到那个结合点就可以了
7楼2012-03-20 08:31:56
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by huang0106 at 2012-03-18 16:39:20:
听所同源建模的结果是需要跑一下动力学的……

找不到其他办法,我现在也只能是跑动力学了。
8楼2012-03-20 09:09:13
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

9楼2012-05-18 21:37:04
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

10楼2012-05-18 21:37:17
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cfmzxf84 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 278求调剂 +6 烟火先于春 2026-03-17 6/300 2026-03-21 01:57 by JourneyLucky
[考研] 280求调剂 +7 咕噜晓晓 2026-03-18 8/400 2026-03-21 01:27 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大,求调剂 +5 材化逐梦人 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:26 by JourneyLucky
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 5/250 2026-03-20 22:11 by 云游重阳
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂,总分315(英一) +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +5 tcxiaoxx 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:35 by laoshidan
[考研] 316求调剂 +5 梁茜雯 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:26 by 你好你好666
[考研] 一志愿西安交通大学 学硕 354求调剂 +3 我想要读研究生 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:13 by JourneyLucky
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考研] 本科郑州大学物理学院,一志愿华科070200学硕,346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 0854控制工程 359求调剂 可跨专业 +3 626776879 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:42 by 626776879
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 321求调剂 +5 大米饭! 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
信息提示
请填处理意见