24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3941  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 求助,已有PDB结构的DS同源建模步骤,谢谢

求助,我想用DS同源建模,已有多个PDB模板可以用,请教怎么操作呢?
网上的教程基本上都是需要n95,或者90数据库,从网上download结构。
我有自己的模版,因此改变了一些步骤来做,但是一直不成功,求指导。谢谢
回复此楼
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huang0106

木虫 (职业作家)

听所同源建模的结果是需要跑一下动力学的……
6楼2012-03-18 16:39:20
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-17 19:49:58
cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-03-18 00:16:03
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块,分别放入你的序列文件和pdb文件,修改相应参数
计算完成后打开运行结果然后运行build homology modle放入相应的文件进行运算就ok了。
2楼2012-03-17 19:43:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 870609 at 2012-03-17 19:43:10:
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块,分别放入你的序列文件和pdb文件,修改相应参数
计算 ...

再多请教一个问题,我想把小分子配体放入同源建模的蛋白质中,sybyl可以用merge做,但是我merge的时候,总是提示no atoms merged。不知道是不是我操作不对,请问怎么做呢?谢谢
3楼2012-03-18 00:17:52
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-18 08:39:31
你说的应该是要做对接吧?sybyl的我没用过,不太知道。ds也可以做,可以通过libdock,ligandfit,cdocker还有flexible docking达到你的目的。你把几种对接算法都试一下找一个最合适的用就行,对接不一定都会出结果的,没有结果的时候就对相关参数进行微调,说白了模拟和对接这东西都很虚的,能解释实际实验现象就行了。
4楼2012-03-18 08:10:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-15 27/1350 2026-04-19 01:59 by 烟雨流涯
[考研] 材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组 +25 hualkop 2026-04-12 27/1350 2026-04-19 01:58 by 烟雨流涯
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 291求调剂 +10 关忆北. 2026-04-14 10/500 2026-04-18 23:32 by 路病情
[考研] 生物学调剂 +10 纸扇zhishan 2026-04-13 10/500 2026-04-18 21:19 by zqndavala
[考研] 22408 312求调剂 +24 门路摸摸 2026-04-14 26/1300 2026-04-18 13:04 by wunaiy88
[考博] 求博导|生物质基多孔碳/超级电容方向,已有相关成果,寻能源材料/碳材料方向老师 +3 猪猪人Zzz 2026-04-12 3/150 2026-04-17 19:10 by 阳阳阳^_^
[考研] 294求调剂 +7 淡然654321 2026-04-17 8/400 2026-04-17 16:36 by wutongshun
[考研] 294求调剂 +14 淡然654321 2026-04-15 14/700 2026-04-16 21:01 by lpl364211
[考研] 307中医考研调剂 +6 于以采蘩 2026-04-14 6/300 2026-04-16 16:20 by qingfeng258
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-14 11/550 2026-04-16 15:18 by jiahl2024
[考研] 279学硕食品专业求调剂院校 20+7 孤独的狼爱吃羊 2026-04-12 29/1450 2026-04-16 09:00 by screening
[考研] 求调剂推荐 +8 小聂爱学习 2026-04-14 8/400 2026-04-16 07:22 by 学员JpLReM
[考研] 297,工科调剂? +10 河南农业大学-能 2026-04-14 10/500 2026-04-15 21:50 by noqvsozv
[考研] 药学求调剂 +11 RussHu 2026-04-12 13/650 2026-04-15 19:07 by zhuwenxu
[考研] 0854调剂 +13 长弓傲 2026-04-12 16/800 2026-04-15 13:45 by fenglj492
[教师之家] 转长聘了 +7 简单化xn 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:50 by xindong
[考研] 2026硕士调剂_能动_河南农业大学 +4 河南农业大学-能 2026-04-12 4/200 2026-04-13 22:01 by bljnqdcc
[考研] 一志愿中南大学 0855 机械 286 求调剂 +11 不会吃肉 2026-04-12 11/550 2026-04-13 21:59 by bljnqdcc
[考研] 调剂结束 +6 floriea 2026-04-12 8/400 2026-04-12 18:13 by zhouxiaoyu
信息提示
请填处理意见