应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
51/1返回列表
查看: 3875  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢

求助，我想用DS同源建模，已有多个PDB模板可以用，请教怎么操作呢？
网上的教程基本上都是需要n95，或者90数据库，从网上download结构。
我有自己的模版，因此改变了一些步骤来做，但是一直不成功，求指导。谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-03-17 18:19:50
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 870609 at 2012-03-18 08:10:05:
你说的应该是要做对接吧？sybyl的我没用过，不太知道。ds也可以做，可以通过libdock，ligandfit，cdocker还有flexible docking达到你的目的。你把几种对接算法都试一下找一个最合适的用就行，对接不一定都会出结果 ...

不是对接，我想把小分子根据其他试验结果得到的空间结构放入到受体蛋白中，然后来跑动力学。因为同源建模后有些残基不太合理，对接结果不太好
赞一下 回复此楼
5楼2012-03-18 09:09:40
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-17 19:49:58
cfmzxf84: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-03-18 00:16:03
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块，分别放入你的序列文件和pdb文件，修改相应参数
计算完成后打开运行结果然后运行build homology modle放入相应的文件进行运算就ok了。
赞一下 回复此楼
2楼2012-03-17 19:43:10
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cfmzxf84

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870609 at 2012-03-17 19:43:10:
首先把你要建模的目标序列编译成fasta文件
然后打开编好的fasta文件接着打开你要当做模板的pdb文件
接下来在protocol里找到align sequence to template模块，分别放入你的序列文件和pdb文件，修改相应参数
计算 ...

再多请教一个问题，我想把小分子配体放入同源建模的蛋白质中，sybyl可以用merge做，但是我merge的时候，总是提示no atoms merged。不知道是不是我操作不对，请问怎么做呢？谢谢
赞一下 回复此楼
3楼2012-03-18 00:17:52
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870609

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-18 08:39:31
你说的应该是要做对接吧？sybyl的我没用过，不太知道。ds也可以做，可以通过libdock，ligandfit，cdocker还有flexible docking达到你的目的。你把几种对接算法都试一下找一个最合适的用就行，对接不一定都会出结果的，没有结果的时候就对相关参数进行微调，说白了模拟和对接这东西都很虚的，能解释实际实验现象就行了。
赞一下 回复此楼
4楼2012-03-18 08:10:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +6 困于星晨 2026-03-17 7/350 2026-03-20 10:48 by 星空星月
[考研] 一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600 +4 Ncdx123456 2026-03-19 4/200 2026-03-20 10:47 by 尽舜尧1
[考研] 材料080500调剂求收留 +6 一颗meteor 2026-03-13 6/300 2026-03-20 10:41 by EBSD
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +10 墨墨漠 2026-03-18 10/500 2026-03-20 10:35 by 无际的草原
[考研] 265求调剂 +8 梁梁校校 2026-03-19 8/400 2026-03-20 09:08 by 每天只摆一小会
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以） +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 一志愿天大材料与化工（085600）总分338 +5 蔡大美女 2026-03-13 5/250 2026-03-19 10:44 by 是小刘呀～
[考研] 332求调剂 +3 ydfyh 2026-03-17 3/150 2026-03-19 10:14 by 功夫疯狂
[考研] 0817调剂 +3 没有答案_ 2026-03-14 3/150 2026-03-19 09:51 by Xu de nuo
[考研] 0703化学 305求调剂 +4 FY_yy 2026-03-14 4/200 2026-03-19 05:54 by anny19840123
[考研] 311求调剂 +4 冬十三 2026-03-18 4/200 2026-03-18 21:47 by 尽舜尧1
[考研] 【同济软件】软件（085405）考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭