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孜孜--

新虫 (初入文坛)

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[求助] 关于gromacs残基不识别的问题已有2人参与

各位大侠本人新手，在MS中建立好模型保存为PDB格式，在GROMACS 的pdb2gmx文件转换过程中提示残基WTR、XXX不识别，应该怎么修改啊，模型中就只有甲烷和水分子。望各位大侠帮忙谢谢。PDB部分文件如下：
ATOM 116  H1  WTR    0    -8.433  -8.515 3.297  1.00  0.00          H
ATOM 117  H2  WTR    0    -7.625  -8.475 4.565  1.00  0.00          H
ATOM 118  O WTR    0    -9.454  -9.539 2.321  1.00  0.00          O
ATOM 119  H1  WTR    0    -8.999  -9.838 1.505  1.00  0.00          H
ATOM 120  H2  WTR    0    -10.247  -9.092 1.954  1.00  0.00          H
ATOM 121  O WTR    0    -2.009  -9.658 2.177  1.00  0.00          O
ATOM 122  H1  WTR    0    -2.512  -9.050 2.761  1.00  0.00          H
ATOM 123  H2  WTR    0    -1.229  -9.113 1.937  1.00  0.00          H
ATOM 124  O WTR    0    -5.716  -7.193 2.189  1.00  0.00          O
ATOM 125  H1  WTR    0    -6.500  -7.367 2.752  1.00  0.00          H
ATOM 126  H2  WTR    0    -5.714  -6.211 2.162  1.00  0.00          H
ATOM 127  O WTR    0    -3.590  -8.038 3.731  1.00  0.00          O
ATOM 128  H1  WTR    0    -4.330  -7.757 3.150  1.00  0.00          H
ATOM 129  H2  WTR    0    -3.184  -7.171 3.949  1.00  0.00          H
ATOM 130  O WTR    0    -9.418  -5.722 4.469  1.00  0.00          O
ATOM 131  H1  WTR    0    -8.863  -6.498 4.242  1.00  0.00          H
ATOM 132  H2  WTR    0    -8.846  -4.995 4.141  1.00  0.00          H
ATOM 133  O WTR    0    -10.370 -11.708 3.687  1.00  0.00          O
ATOM 134  H1  WTR    0    -10.014 -10.888 3.282  1.00  0.00          H
ATOM 135  H2  WTR    0    -9.803 -11.777 4.485  1.00  0.00          H
ATOM 136  O WTR    0    -1.248 -11.771 3.740  1.00  0.00          O
ATOM 137  H1  WTR    0    -1.456 -11.015 3.149  1.00  0.00          H
ATOM 138  H2  WTR    0    -0.267 -11.746 3.746  1.00  0.00          H
ATOM 139  C1  XXX    0    -5.422 0.024 3.023  1.00  0.00          C
ATOM 140  H1  XXX    0    -4.383 0.390 2.934  1.00  0.00          H
ATOM 141  H2  XXX    0    -5.419  -1.076 3.125  1.00  0.00          H
ATOM 142  H3  XXX    0    -5.894 0.477 3.914  1.00  0.00          H
ATOM 143  H4  XXX    0    -5.992 0.310 2.120  1.00  0.00          H
ATOM 144  C2  XXX    0    -6.142 0.286 8.925  1.00  0.00          C
ATOM 145  H5  XXX    0    -6.566 1.304 8.992  1.00  0.00          H
ATOM 146  H6  XXX    0    -5.568 0.067 9.844  1.00  0.00          H
ATOM 147  H7  XXX    0    -6.960  -0.449 8.817  1.00  0.00          H
ATOM 148  H8  XXX    0    -5.470 0.224 8.050  1.00  0.00          H
ATOM 149  C3  XXX    0    -2.801 6.039  -0.315  1.00  0.00          C
ATOM 150  H9  XXX    0    -2.026 6.284 0.435  1.00  0.00          H
ATOM 151  H10 XXX    0    -2.549 6.527  -1.274  1.00  0.00          H
ATOM 152  H11 XXX    0    -2.845 4.944  -0.457  1.00  0.00          H
ATOM 153  H12 XXX    0    -3.782 6.406 0.039  1.00  0.00          H

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