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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】heme中三价铁的力场参数
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futing1229

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】heme中三价铁的力场参数 已有4人参与

最近遇到一个问题，在处理heme时 ，其中的铁为正三价时，力场参数怎么确定？
amber 里的铁是二价。不知道其他哪些软件里包含三价铁？
谢谢！

[ Last edited by futing1229 on 2010-10-8 at 16:35 ]
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1楼 2010-10-08 15:30:16
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z5476t4508

新虫 (正式写手)

明天家
★ ★ ★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-10-21 17:04:39
可不可以这样呢？

然后把heme中的铁拿掉，然后加个背景电荷（3+）在gaussian中优化，单点并用 resp 得到参数，把Fe和拿掉Fe的heme看成两个残基load到leap里面，生成prmtop文件

如果跑动力学有问题的话可以先把整个分子（含FE3+）放到gaussian里优化、单点，然后用resp拟合出电荷
然后把prmtop文件中的电荷换掉...
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Itrustyouarekeepingwell?
2楼2010-10-21 16:34:32
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nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-23 08:47:10
华东理工大学药学院有个老师，做heme蛋白，发了很多分子模拟的文章，可以参考一下。
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3楼2010-10-22 21:47:23
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-31 08:27:53
铁的极化很强，看成背景电荷好像。。。
引用回帖:
Originally posted by z5476t4508 at 2010-10-21 16:34:32:
可不可以这样呢？

然后把heme中的铁拿掉，然后加个背景电荷（3+）在gaussian中优化，单点并用 resp 得到参数，把Fe和拿掉Fe的heme看成两个残基load到leap里面，生成prmtop文件

如果跑动力学有问题的话可以先 ...

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4楼2010-10-30 10:41:36
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Eroica3139

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2010-11-23 20:32:46
futing1229(金币+3):谢谢 2010-11-23 21:15:57
这是个比较专业的问题，不是简单的参数处理。需要重新计算整个血红素的几何优化和点电荷，再用resp产生amber力场识别的文件。建议你如果不精于这种量化计算的话，用前人文献提供的数据吧，我印象里JPCB、proteins和JCC里有公布他们血红素参数的文章。二价、三价，活化态的都有
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5楼2010-11-23 19:31:14
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
futing1229(金币+2):十分感谢！ 2010-11-24 08:51:24
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-24 14:19:23
www.ambermd.org网站上，左边，force field那一栏点进去，
有好几套heme的参数可用。

祝好运！
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6楼2010-11-23 23:21:22
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zbb9356

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2010-11-23 23:21:22:
www.ambermd.org网站上，左边，force field那一栏点进去，
有好几套heme的参数可用。

祝好运！

不知道你说的是在哪的？在网站上没找到，另外在网上找到一个，不过好像跟就是amber自带的那个参数。
网址：http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber
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7楼2010-12-06 23:40:49
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-30 12:53:17
引用回帖:
Originally posted by zbb9356 at 2010-12-06 23:40:49:



不知道你说的是在哪的？在网站上没找到，另外在网上找到一个，不过好像跟就是amber自带的那个参数。
网址：http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber

就是这个。AMBER主页上有连接到这里。cofactors里边有heme。
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8楼2010-12-07 09:33:14
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zbb9356

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2010-12-07 09:33:14:


就是这个。AMBER主页上有连接到这里。cofactors里边有heme。

不太明白，里面那两个heme里铁都是几价，好像跟amber自带的两个heme差别不大
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9楼2010-12-09 16:09:28
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zhj10.26

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by futing1229 at 2010-10-08 15:30:16:
最近遇到一个问题，在处理heme时 ，其中的铁为正三价时，力场参数怎么确定？
amber 里的铁是二价。不知道其他哪些软件里包含三价铁？
谢谢！

[ Last edited by futing1229 on 2010-10-8 at 16:35 ]

请问楼主找到HEME中FE3+的力场参数了吗?
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10楼2011-03-29 17:00:28
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