应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】heme中三价铁的力场参数
51/1返回列表
查看: 3935  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

futing1229

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】heme中三价铁的力场参数 已有4人参与

最近遇到一个问题，在处理heme时 ，其中的铁为正三价时，力场参数怎么确定？
amber 里的铁是二价。不知道其他哪些软件里包含三价铁？
谢谢！

[ Last edited by futing1229 on 2010-10-8 at 16:35 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-08 15:30:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Eroica3139

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2010-11-23 20:32:46
futing1229(金币+3):谢谢 2010-11-23 21:15:57
这是个比较专业的问题，不是简单的参数处理。需要重新计算整个血红素的几何优化和点电荷，再用resp产生amber力场识别的文件。建议你如果不精于这种量化计算的话，用前人文献提供的数据吧，我印象里JPCB、proteins和JCC里有公布他们血红素参数的文章。二价、三价，活化态的都有
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-11-23 19:31:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

z5476t4508

新虫 (正式写手)

明天家
★ ★ ★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-10-21 17:04:39
可不可以这样呢？

然后把heme中的铁拿掉，然后加个背景电荷（3+）在gaussian中优化，单点并用 resp 得到参数，把Fe和拿掉Fe的heme看成两个残基load到leap里面，生成prmtop文件

如果跑动力学有问题的话可以先把整个分子（含FE3+）放到gaussian里优化、单点，然后用resp拟合出电荷
然后把prmtop文件中的电荷换掉...
赞一下(2人) 回复此楼
Itrustyouarekeepingwell?
2楼2010-10-21 16:34:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nkyx

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-23 08:47:10
华东理工大学药学院有个老师，做heme蛋白，发了很多分子模拟的文章，可以参考一下。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-10-22 21:47:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-31 08:27:53
铁的极化很强，看成背景电荷好像。。。
引用回帖:
Originally posted by z5476t4508 at 2010-10-21 16:34:32:
可不可以这样呢？

然后把heme中的铁拿掉，然后加个背景电荷（3+）在gaussian中优化，单点并用 resp 得到参数，把Fe和拿掉Fe的heme看成两个残基load到leap里面，生成prmtop文件

如果跑动力学有问题的话可以先 ...

赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-10-30 10:41:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +5 kulium 2026-08-21 6/300 2026-08-21 18:15 by alongwaytogo
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 人气不行了 +7 fansofjerry 2026-08-21 7/350 2026-08-21 14:13 by Vivilian
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +15 医学老男孩 2026-08-20 18/900 2026-08-21 13:46 by 医学老男孩
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +23 yaoyewhu2008 2026-08-20 25/1250 2026-08-21 12:19 by Poppy1104
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +15 archvillain 2026-08-15 27/1350 2026-08-21 11:32 by tim76
[基金申请] 科研孤儿太难了 +15 我4大白菜 2026-08-20 16/800 2026-08-21 11:07 by yming1319
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭