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futing1229

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】heme中三价铁的力场参数 已有4人参与

最近遇到一个问题,在处理heme时 ,其中的铁为正三价时,力场参数怎么确定?
amber 里的铁是二价。不知道其他哪些软件里包含三价铁?
谢谢!

[ Last edited by futing1229 on 2010-10-8 at 16:35 ]
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z5476t4508

新虫 (正式写手)

明天家

★ ★ ★ ★
futing1229(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-10-21 17:04:39
可不可以这样呢?

然后把heme中的铁拿掉,然后加个背景电荷(3+)在gaussian中优化,单点并用 resp 得到参数,把Fe和拿掉Fe的heme看成两个残基load到leap里面,生成prmtop文件

如果跑动力学有问题的话可以先把整个分子(含FE3+)放到gaussian里优化、单点,然后用resp拟合出电荷
然后把prmtop文件中的电荷换掉...
Itrustyouarekeepingwell?
2楼2010-10-21 16:34:32
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